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油茶是我国特有的木本食用油料树种，本研究以油茶总DNA为材料，进行了SSRs、AFLPs和ISSRs分子标记的研究。采用正交试验和单因素试验，建立并优化了油茶SSR-PCR反应体系，并筛选出8对适合油茶SSR分析的引物组合，结果表明，油茶最适SSR-PCR反应体系为模板DNA（5-10ng/μL）1.0μL，Mg2+（25mmol/L）0.7μL，dNTP （10mmol/L）0.15μL，正反向引物均为（10μmol/L）0.2μL，T aq DNA聚合酶（5U/μL）0.1μL，10×PCR buffer1.0μL，HPLC H2O6.65μL，总体积10.0μL；同时证明了微卫星位点在山茶属（Camellia L.）植物的种间通用性。AFLP反应体系包括酶切和连接体系、预扩增和选择性扩增的建立与优化,并筛选出8对（E-ACT/M-AAC，E-ACG/M-CAA，E-AAG/M-CGA，E-AGT/M-AGT， E-AGG/M-AAG，E-AGG/M-AGT，E-ATC/M-AGT，E-AAT/M-CAA）适合油茶AFLP分析的引物组合，且经重复验证,条带清晰，多态性高。利用ISSR分子标记技术对油茶品种遗传多样和亲缘关系进行了研究，结果表明其遗传多样性较高，遗传多样性参数分别为多态性位点百分率（PPL）99.25%，期望杂合度（He）0.23，遗传多样性指数（I）0.37，普通油茶品种的遗传多样性参数为PPL为96.24%，He为0.23，I为0.37。用UPGMA聚类分析法构建了树形图，表明本研究所用的全部油茶品种明显地分离开来，并且形成安徽、广西和江西三个大组，得到的结果与传统的分类方法相吻合。综上所述，本研究证实了用SSRs、AFLPs和ISSRs分子标记分析油茶品种遗传多样性和亲缘关系的有效性和可行性，将为油茶种质资源鉴定、重要农艺性状的QTL研究以及进一步的遗传学研究提供重要的理论依据和技术支持。