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本研究以采集自内蒙古锡林郭勒盟的12份酸马奶和蒙古国巴彦洪格尔省的16份传统发酵乳制品(包括4份酸马奶、3份酸牛奶和9份奶酪样品)样品为研究对象,采用纯培养方法法结合16S rRNA基因测序技术分离鉴定其中的乳酸菌;同时,采用PacBio单分子实时测序技术(PacBio SMRT)分析传统发酵乳中的细菌多样性,并对比分析内蒙古和蒙古国不同地区酸马奶样品中的细菌菌群结构。具体结果如下:1.传统发酵乳制品中共分离得到105株乳酸菌,鉴定为2个属,8个种,优势菌种为 Lactobacillus helveticus 和 Lactobacillus kefiranofaciens,占分离菌株的79.05%,结果表明不同类型的乳制品中乳酸菌种类不同。2.基于PacBio SMRT测序技术检测发现,内蒙古锡林郭勒地区12份酸马奶样品中的细菌归为5个门、34个属和60菌种,其中优势菌种为Streptococcus parauberis(62.82%)和Lactobacillus helveticu和(27.12%),结果表明酸马奶样品之间的细菌多样性和相对丰度存在差异。3.基于PacBio SMRT测序技术检测发现,蒙古国巴彦洪格尔地区酸马奶和酸牛奶等样品中的细菌归为11个门、155个属和234个种,其中Lactobacillus helveticus、Lactobacillus delbrueckii 和 Enterobacter xiangfangensis 为酸马奶、酸牛奶和奶酪中的优势菌种。基于UniFrac距离的主坐标分析(PCoA)显示同一类型和不同类型的传统发酵乳制品分别有明显的聚集趋势和分离状态。结果表明巴彦洪格尔地区传统发酵乳制品的种类不同,蕴含的微生物种类和数量也不同。4.结合本试验获得和数据库下载的酸马奶样品测序数据,对不同地区酸马奶中的细菌多样性进行对比分析,发现三组酸马奶样品中的细菌结果存在一定相似性和差异性,Firmicutes为酸马奶样品中的优势菌门,Lactobacillus是蒙古国酸马奶样品组MBK和MG的优势菌属,而Streptococcus为内蒙古样品组IM的优势菌属,三组酸马奶样品中的共有OTUs137个,其中103个OTUs鉴定为Lactocillus helveticus。PCoA和聚类分析表明样品内和样品间呈现出明显的聚集和分离趋势。本研究结合纯培养法和单分子实时测序技术揭示出内蒙古和蒙古国地区传统发酵乳制品中细菌种类丰富,结构复杂多样,为传统发酵乳制品多样性和乳酸菌资源开发提供了新的资源和思路。