台湾当局从1987年“解严”以来,顺应台湾渔业对劳动力需求之势,针对台湾渔船船主雇用及安置大陆船员等相关问题制定一系列行政命令予以规制,而对于大陆赴台湾渔船船员(以下简称大陆船员)的劳动权益保护问题却未曾规定；台湾学界研究大陆船员相关问题多着眼于台湾渔业经济、治安及管理层面,而本研究则是在国际劳工组织《2007年渔业工作公约》的立法背景下,试从劳工人权角度对大陆船员的劳动权益保护问题进行探讨。为了解大陆船员在台湾的生活和工作状况以及台湾的相关制度和政策,以及相关学者、专家对于大陆赴台船员相关问题的看法,本人特地赴台湾进行实地考察学习,并对所收集的文献资料进行回顾和整理,归纳出各研究提出的观点和解决方法,以供本研究参考学习；总结各研究的不足和遗漏之处,并在此基础上进一步补足；汇集并整理相关法规资料及协议,并检视其缺失和不足,在此基础上提出改进建议；本文运用对比分析的方法比较两岸对于两岸协议性质的不同定位；比较两岸渔业劳务合作新协议与旧协议以及与渔业工作公约的差距,以期台湾方面能够比照公约标准来雇用大陆船员；最后本文运用理论联系实际的方法对大陆船员权益保护问题解决进行理论分析和探讨,结合大陆船员劳动现况,提出解决大陆船员权益保护问题的建议案,以供两岸相关渔业组织在签署渔业劳务合作协议时予以参考,也可供两岸相关主管部门协商解决该问题及建构大陆船员制度及政策时予以参考。本文共分为六章。第一章为绪论,介绍了本文的研究背景、研究动机、研究目的、研究方法、创新点及预期成效；第二章介绍了台湾地区雇佣大陆渔船船员背景；第三章介绍了ILO渔船船员权益保护的相关制度；第四章在ILO渔船船员权益保护标准之下检视台湾地区大陆船员安置管理办法及劳动现况；第五章对海峡两岸渔业劳务合作相关协议进行了探讨和分析。首先,对两岸协议的相关理论问题进行了探讨；其次,对((2009年海峡两岸渔船船员劳务合作协议》(以下简称《09协议》)与两岸《2006年关于合作开展渔工劳务业务的协议》(以下简称《06协议》)进行了对比,找出09协议与06协议的差距,以期09协议能够吸收06协议的优点,以弥补其不足之处；最后,对《09协议》与《2007年渔业工作公约》(以下简称《公约》)进行对比,找出09协议与《公约》的差距,以期未来两岸渔业劳务合作新协议能够补足这些差距。