目的:建立一种行之有效的肝癌及癌旁肝组织高尔基体比较蛋白质组学研究方法。筛选并鉴定肝癌及癌旁肝组织高尔基体蛋白质组中差异表达的蛋白质,从高尔基体层面解释肝癌的发生发展机制,为肝癌的早期诊断和抗癌药物的研发提供线索。方法:应用亚细胞比较蛋白质组学研究方法,比较分析肝癌及癌旁肝组织高尔基体蛋白质组。收集肝癌患者手术切除的癌组织和癌旁肝组织标本,蔗糖密度梯度离心法分离纯化高尔基体。建立并优化两种组织高尔基体的双向电泳方法,银染后用PD-Quest软件分析找出差异表达的蛋白质点,然后用质谱仪获取相应蛋白点的肽质指纹图谱,联网到Swiss-Prot蛋白质组数据库鉴定获得的差异蛋白质点,最后用Western blot验证双向电泳结果。蛋白质相对表达量的比较采用配对t检验。结果:有效的分离出了高纯度的高尔基体,应用双向凝胶电泳获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳银染图谱。肝癌组织和癌周肝组织平均每张蛋白斑点数分别为(1153±49)个和(1086±37)个,与癌旁肝组织高尔基体蛋白质组相比,肝癌组织高尔基体蛋白质组有27个蛋白位点表达上调,20个蛋白位点表达下调。通过数据库搜索,初步鉴定出了其中17个蛋白质,并用Western blot从蛋白水平上验证了双向凝胶电泳结果。结论:肝癌及癌旁肝组织高尔基体蛋白质组具有不同的蛋白质位点,这些差异表达的蛋白质涉及到细胞的能量代谢、肿瘤的侵袭和转移,细胞周期调控等方面,为进一步阐释高尔基体在肿瘤的发生发展中所起的作用提供了有价值的信息。