喉鳞癌及癌旁正常组织中microRNA的差异表达分析

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目的喉癌的早期诊断及喉鳞癌复发的早期判断对喉鳞癌的治疗至关重要,而目前人们对于相关的分子机理及分子标志的认识还很有限。本研究应用基因芯片技术,研究喉鳞状细胞癌的microRNA(miRNA)表达谱,筛选喉鳞癌和癌旁正常中组织差异表达的miRNA,为深入理解喉鳞癌发生发展的分子机理,寻找鉴定相应的分子生物学指标志奠定基础。方法选取8例手术切除新鲜冻存的喉鳞癌及其配对的癌旁正常组织,Trizol法提取总RNA,使用Agilent 2100生物分析仪鉴定总RNA的质量;获得了符合基因芯片杂交质控要求的RNA样品。使用Agilent荧光标记与杂交试剂盒(P/N:5190-0456),样品经Cy3荧光标记后与含有容纳723条人类miRNA探针的基因芯片(Agilent Human miRNA Microarray version 2 Kit,P/N G4470B)进行杂交。杂交后洗涤过的芯片以Agilent芯片激光扫描仪进行扫描,Feature Extraction软件提取数据,采用GeneSpring软件分析数据,以t检验筛选在喉鳞癌和癌旁正常组织中差异表达的miRNA(以p值<0.05和FC值>2为条件),并用TargetScans、Pictar、Miranda、Mirtarget2等软件对其可能的靶基因进行预测。结果共有132个miRNA在8例喉鳞癌中均有表达。喉鳞癌和癌旁正常组织中差异表达的miRNA有53个,其中22个在喉鳞癌中出现上调,31个出现下调;差异表达5倍以上的miRNA共有8个,分别为miR-196b、miR-196a、miR-375、miR-139-5p、miR-7、miR-338-3p、miR-183和miR-370,其中miR-196b、miR-196a和miR-375差异表达8倍以上。结论基因芯片技术是一种有效的高通量分析喉鳞癌相关miRNA表达谱的检测方法。通过初步的miRNA芯片分析,发现了53个在喉鳞癌中异常表达的miRNA,其中明显差异表达的miRNA有8个,这些miRNA有可能成为新的喉鳞癌特征性分子生物学标志物。生物信息学分析软件预测差异表达的miRNA可能的靶基因,则为进一步研究认识喉鳞癌发病生发展的分子生物学机制,寻找鉴定临床诊治相关的分子标志物奠定基础。
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