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大刍草(Zea mays SSP.Parviglumis)是玉米亲缘关系最近的祖先种,但玉米和大刍草之间在株型和穗部形态等方面却存在巨大差异,这些主要由遗传控制,解析控制玉米和大刍草间表型差异的遗传学基础,对于解析玉米驯化和改良进程中所选择的目标性状和靶位点、丰富我们对玉米驯化历程的认识具有重要的理论意义。本研究使用玉米自交系Zong3为轮回亲本,以1个大刍草Zea mays SSP.parviglumis品系K-67-20为供体亲本,通过2代回交7代自交,构建回交重组自交系群体(BC2-RILs);使用玉米56K SNP芯片,对198份玉米-大刍草BC2-RILs群体进行基因型分析;通过两年三点的田间试验,基于13个重要性状田间表现对BC2-RILs进行表型评价;结合基因型和表型数据,开展重要性状QTL定位。主要结果如下:1、获得了189份BC2-RILs的56 K SNP标记的基因型数据。通过严格的质控分析,获得18777个高质量SNP标记,并构建了含有1206个bin的覆盖全基因组的高密度bin-map连锁图谱。基因组遗传图谱全长为3151.9 cM,单个bin的平均遗传距离为2.61 cM,平均物理长度为1.9 Mb。BC2-RILs背景回复率在60.11%~99.43%之间,平均背景回复率为83.72%。2、对13个重要性状进行了两年三点的考察。玉米-大刍草BC2-RILs群体系内存在丰富的遗传多样性,各性状的遗传率在72.98%~90.97%之间。相关性分析发现,各性状间存在复杂的相关关系,其中,株高与雄穗主轴长及穗位高均存在极显著正相关,穗位叶片宽与穗位节茎粗及穗位高间均呈极显著正相关,穗粗、穗行数和行粒数之间均呈现极显著正相关。3、对13个性状的QTL分析,共检测到243个QTL,分布于玉米10条染色体上,以第3号染色体上检测到的QTL最多。各性状检测到的QTL数目差异较大,检测到的穗粗相关QTL数量最多,为33个,单个QTL解释的表型变异为2.68%~18.12%,其中,72.73%的QTL解释的表型变异低于5%,说明该性状可能受微效多基因控制;检测到的总雌穗数相关QTL数共21个,单个QTL解释的表型变异为2.64%~31.50%,其中,有7个QTL解释的表型变异超过15%,而其余QTL解释的表型变异均低于10%,说明雌穗数目可能主要受几个主效位点所控制。4、共检测到11个控制多个性状的QTL富集区,和70个在多个环境下稳定表达的QTL,这些区域很可能为染色体上非常重要的功能区域。此外,与前人研究比较分析,本试验所检测到的QTL中,82个QTL(33.74%)与前人鉴定的位点共定位,其中,58个QTLs(23.87%)驯化相关的遗传点共定位,24个QTLs(9.88%)与改良相关遗传位点共定位,这些位点可作为QTL精细定位、克隆、驯化及应用等进一步深入研究的靶位点。