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乌鳢(Channa argus),隶属于鲈形目(Perciformes)、鳢科(Channide)、鳢属(Channa),广泛分布于我国各大水系,是重要的淡水养殖品种之一。近几年,由于水资源匮乏以及人类生产活动的影响,乌鳢栖息地的生态平衡遭到破坏,其天然资源大幅度减少。为合理保护和利用乌鳢的野生种质资源,本研究采用磁珠富集法和转录组数据库筛选法开发了乌鳢多态性微卫星分子标记,并基于微卫星标记对我国乌鳢9个地理群体的遗传多样性和遗传结构进行了研究。主要研究结果如下：1、乌鳢多态性微卫星标记的分离和筛选(1)以生物素标记的(AGAT)6作为探针,通过FIASCO法构建乌鳢微卫星文库,随机挑选的100个阳性克隆中有62个克隆含有微卫星序列,阳性克隆率62%。设计42对引物在鄱阳湖乌鳢群体中进行多态性检测,共筛选出18个多态性微卫星位点,包括1个二碱基重复微卫星位点和17个四碱基重复微卫星位点。(2)18个微卫星位点在鄱阳湖群体中扩增得到197个等位基因,等位基因大小为82-452 bp。等位基因数和有效等位基因数范围分别为5～18和2.649-11.344。观测杂合度和期望杂合度分别在0.214-1.000和0.630-0.923之间。有6个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(HWE) (P<0.05)。所有位点高度多态。(3)乌鳢转录组测序数据组装获得68684个转录本,其中有26498个序列包含微卫星重复片段,随机挑选10个序列设计引物。经多态性检测,筛选出1个多态性四碱基重复微卫星位点。2、乌鳢9个地理群体的遗传多样性分析(1)采用14个多态性微卫星位点,对采自安徽黄湖(HL)、安徽水家湖(SJL)、湖北梁子湖(LZL)、湖北枝江(ZJ)、湖南澧县(LX)、河南明港(MG)、河南中牟(ZM)、江西鄱阳湖(PYL)、山东南四湖(NSL)的9个乌鳢地理群体的遗传多样性进行了分析。9个群体在14个位点上共扩增得到337个等位基因(78～430 bp)。各群体的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为6.071～14.643和3.413-8.175。鄱阳湖群体扩增得到17个特有等位基因,中牟群体仅2个。(2)9个群体的观测杂合度、期望杂合度和香农多样性指数变化范围分别为0.612-0.818、0.664-0.846和1.337-2.219。南四湖、枝江、澧县、水家湖、黄湖5个群体的遗传多样性水平较高；中牟群体的遗传多样性水平稍低。(3)对乌鳢9个群体在14个微卫星位点进行的126次HWE检验中有54次检验结果偏离平衡。澧县、鄱阳湖、南四湖3个群体在所有位点均处于HWE平衡的状态,梁子湖群体在所有位点均显著偏离HWE。3、乌鳢9个地理群体的遗传结构分析(1)9个群体间的Nei’s遗传距离(DA)变化范围为0.162-0.596。长江流域群体间(除鄱阳湖外)的遗传分化不明显,其余群体间均有明显的遗传分化。乌鳢9个地理群体间的FST/(1-FST)和地理距离不存在显著相关性(r=0.2747,P>0.05)。(2)聚类分析和因子相关分析显示,9个群体可分为3个组群(黄湖、澧县、枝江、梁子湖、鄱阳湖；南四湖、水家湖；明港、中牟)。AMOVA分析表明,88.93%的遗传变异来自种群内,11.07%的遗传变异来自种群间,9个群体间存在极显著遗传分化(P<0.001)。划分3个组群的AMOVA分析表明,87.21%的遗传变异来自种群内,6.18%的遗传变异来自组群间,6.61%的遗传变异来自组群内种群间,种群内、组群内种群间均存在极显著的遗传分化(P<0.001)。(3)Structure分析显示,9个群体的最适自然种群数量为3个,其中,黄湖、水家湖、澧县、明港、鄱阳湖、南四湖6个群体的遗传结构比较独立,梁子湖、枝江、中牟3个群体存在较多相互渗透和交叉。