明代是我国海防发展史上的重要时期。明初的海防体系以卫所制为核心,到嘉万时期,卫所制逐渐失灵,广东当局势必要对以卫所制为核心的旧海防体系做出变革。嘉靖十四年（1535）戴璟在广东进行兵船募雇改革,政府使用税收雇民间兵、船充实海防,取代丧失战斗力的卫所兵,但调整后的新海防体系有结构性弊端:一,没有充裕饷银来源。二,沿海无可靠常备力量。这导致了柘林兵变和海盗吴平作乱时广东当局应对无措。吴桂芳在任内策划设立以沿海六水寨为核心的新海防体系。消灭海盗曾一本的过程展现了具体说明海防和政府制度设计间的联系。在平定海盗林凤时的闽广二省产生分歧,明廷为协调二省海防,在南澳岛设置潮副总兵。隆万时期倭寇两次大举入侵广东西部,暴露水寨防御体系的不足。广东数任督抚对水寨进行增添裁撤,经过水寨位置、数量调整后,以沿海水寨和募雇兵船为主,卫所军力为辅的海防格局基本成型。嘉万时期广东海防体系的改革中,官僚体系设计不合理、海盗活动的猖獗和自始至终的财政困难持续影响这一转变过程。明代嘉万时期广东海防改革的经验教训对于今天中国维护海权、经略海疆依旧有借鉴意义。