方国瑜在历史地理学、民族史、边疆史等研究领域学术造诣颇深,在历史研究中重视史料的收集与整理,对西南地区的史料收集整理和编纂做出了巨大贡献,被徐中舒先生称为“南中泰斗、滇史巨擘”。方国瑜在云南地方史研究中从全局观出发对庄蹻入滇的时代背景做了深入的分析,对庄蹻入滇的路线做了系统的考证,研究了秦汉以来中原王朝对云南的经略历史,充分印证了云南在秦汉时期已成为国家治理体系中不可缺少的一部分,尤其研究了元明清时期云南移民迁徙的历史过程,阐明了云南地区民族风俗习惯、经济深受中原影响的历史史实,体现了民族融合、民族交流、民族交往的移民史。另外,方国瑜在民族史研究方面成果突出,创建了云南大学民族史学科并编写相关教材;边疆史研究方面,亲自参与滇缅南段划界,还参与创办《西南边疆》杂志。方国瑜在对地方史、民族史、边疆史的研究中始终以整体性思想作为指导,论述入木三分,主张少数民族与汉族是一个整体、边疆与内地是一个整体、中国历史的发展是一个整体,其整体性思想对于维护祖国统一、增进民族团结、维系边疆稳定有着重要的历史意义。