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香梨优斑螟Euzophera pyriella属鳞翅目Lepidoptera螟蛾科Pyralidae暗斑螟属Euzophera,为害梨、苹果、枣、无花果、杏、巴旦杏、桃和杨树等,幼虫蛀食树体韧皮部,也可蛀食部分果实。香梨优斑螟危害隐蔽、防控难度大,致使该虫有逐年加重的趋势,对新疆的香梨和灰枣造成很大损失。本研究利用高通量转录组测序法开发微卫星引物,分析新疆不同地理种群香梨优斑螟种群遗传多样性,促进香梨优斑螟成灾机制研究。1、基于香梨优斑螟微卫星分子标记开发通过Illumina（HiSeq 2000）高通量测序平台对香梨优斑螟转录组进行测序,序列组装后得到187069条非冗余转录组序列,数据量为117.37Mbp,平均长度627.42bp,其中Unigenes序列144456条,为77.81Mbp,平均长度为538.66bp。Unigenes序列在NR数据库中注释54671条,占37.85%;GO数据库中注释43094条,占29.83%;KEGG数据库中注释18460条,占12.78%。对转录组数据进行SSR筛选发现在14940条SSR序列中,随机合成SSR标记引物200对,122对（61%）有扩增产物,40对可以较好扩增出目标片段,其中25对引物的扩增片段具有较高的多态性。2、香梨优斑螟种群遗传多样性基于8个微卫星引物,对15个地理种群的香梨优斑螟群体进行遗传多样性分析,其平均观测杂合度为0.2488,平均期望杂合度为0.7512,平均多态信息含量（PIC）为0.7162,说明所开发的SSR标记适合进行群体遗传多样性的研究。8个微卫星位点的Fst值为0.0152-0.3278,平均值为0.1530,Fst的值非常接近于0.15,香梨优斑螟群体间有中等偏低的遗传分化。15个地理种群中XH群体的等位基因数最多（6.3750）,T24群体的最少（4.0000）;有效等位基因数目XH群体最多（3.6594）,T24群体最少（2.7170）;15个香梨优斑螟群体的平均期望杂合度差别较小,平均期望杂合度为0.6012-0.6837,SY群体的最高;平均多态信息含量（PIC）除了ZY群体的值为0.4725、TM群体的值为0.4941外,其余地理种群的值均高于0.5,15个群体中除了ZY、TM群体外均具有高度的遗传多样性。运用UPGMA法对15个香梨优斑螟群体进行聚类分析,15个香梨优斑螟群体没有明显的分支,T24、TK、XH、YC、TM群体聚为一支,其次是CL、MG和HM群体聚为一支,AS、ZY聚在一起,AK、AW、SY、KC种群在一个区域都为阿克苏地区聚为一支,但阿拉尔种群却出现在上一个层级上。对15个香梨优斑螟种群间的遗传距离与相应地理距离做相关性回归分析发现相关系数仅为R=0.0837。综合推测遗传分化是由其他因素引起的,而地理隔离的贡献较弱。