2018年3月第十三届全国人民代表大会第一次会议通过了《中华人民共和国监察法》。为有效衔接《监察法》执行,2018年10月第十三届全国人民代表大会常务委员会通过《关于修改<中华人民共和国刑事诉讼法>的决定》,但同时“两法”程序适用出现新问题,甚至在传统刑事诉讼法学原理下呈现“悖论现象”。保证监察程序和刑事诉讼程序有效衔接的理论前提是,明确国家政权组织形式中监察委员会的法律地位和监察权属性,监察委员会是人民代表大会制度下新设的国家权力机关,监察权是与审判权、检察权、行政权相并列的独立的国家权力。监察体制改革后,追诉公职人员职务犯罪的刑事程序包括监察调查程序和刑事诉讼程序,监察委员会通过行使监察权对涉嫌职务犯罪的案件调查完毕后,移送检察机关审查提起公诉并经人民法院审判实现犯罪追诉目的。在国家法律体系中比较《监察法》和《刑事诉讼法》的位阶关系,可凸显监察程序与刑事诉讼程序的差异。监察程序与刑事诉讼程序衔接应遵循监察独立、审判独立、检察独立和互相配合、互相制约等基本原则。监察体制改革应当巩固已有以审判为中心诉讼制度的改革成果,坚持证据裁判原则保障被追诉人的基本人权和诉讼权利。监察程序和刑事诉讼程序衔接具体内容上,职务犯罪管辖权限面临困境。监察体制改革实现了公职人员职务犯罪以监察委员会为主、检察机关为辅的管辖模式,2018年《刑事诉讼法》保留了检察机关对司法工作人员职务犯罪的立案管辖权,基于司法自治和司法独立原则,检察机关对这类案件应优先管辖;监察立案不同于刑事立案,刑事立案具有独特的程序法治意义,基于权力监督和人权保障视角,监察案件移送至检察机关时需重新刑事立案以衔接刑事诉讼程序;采取留置措施的被调查人移送至检察机关时,转换为先行拘留的强制措施不妥,刑事诉讼程序中应由检察机关自行审查决定;监察程序中获取的证据不具备当然的证据能力和证明力,需接受检察机关和法院司法审查,监察证据存有疑问时可作出退回补充调查或作出不起诉决定,甚至判决宣告无罪,坚持非法证据排除规则。监察程序与刑事诉讼程序衔接不仅仅是法律程序形式的简单“吻合”,更要遵循法律内在精神和现代刑事追诉基本规律。