家蚕BmABCD2的克隆鉴定及功能研究

来源 :江苏科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chen1052333209
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-Binding Cassette Transporter),简称ABC转运蛋白(ABC transporter),是一类跨膜蛋白。ABC转运体含有一个共同的核心结构—2个核苷酸结合区域(nucleotide binding domains,NBDs)和2个跨膜区域(transmembrane domains,TMDs)其中NBDs结构相对保守,根据NBDs的保守结构,把家蚕ABC转运蛋白分为8个亚家族:ABCA、ABCB、ABCC、ABCD、ABCE、ABCF、ABCG、ABCH。其中ABCD亚家族的成员都是半转运蛋白,但目前对ABCD的研究报道较少,尤其家蚕ABCD2基因的功能更不清楚。我们以家蚕抗BmNPV品种白玉N(BYN)和常规品种白玉(BY)经BmNPV侵染后的脂肪体组织为材料进行转录组测序分析时发现有两个差异基因属于ABC转运蛋白通路,其中一个为ABCD2基因,为进一步清楚ABCD2的序列信息和相关功能,本研究以家蚕品系白玉N和白玉为材料,利用RACE技术克隆了两个品系ABCD2基因(命名为BmABCD2),并利用生物信息学分析了基因序列特性及基因家族密码子的使用模式;检测BmABCD2在不同品种、不同发育时期,添食BmNPV前后的表达模式;RNAi干涉BmABCD2鉴定其功能,并利用GST-Pull Down联合质谱筛选与BmABCD2蛋白互作的蛋白。实验表明BmABCD2可能参与了家蚕抗性品系白玉N对BmNPV增殖的抑制作用。1、对BmABCD2基因进行全长克隆,得到白玉品系全长为3430 bp的BmABCD2基因,编码区为2265 bp,白玉N品系BmABCD2基因全长是3258 bp,编码区为2265bp,同源性检索确定该片段属于家蚕ABCD2基因的完整编码区,基因定位于家蚕第27号染色体上,将以白玉为模板扩增得的ABCD2全长序列命名为BmABCD2,提交到NCBI,GenBank登录号为MK840981。2、对BmABCD2基因在两品系各组织表达情况进行了半定量和荧光定量分析,结果表明,ABCD2基因在两个品系的9个组织均有表达,尤其在中肠、脂肪体和气管中表达量较高。添毒48小时后,两个品系ABCD2基因表达量差异最大的是生殖腺和气管丛。3、两个品系BmABCD2基因CDS区比对发现,在第43个氨基酸处有一个有义突变但蛋白质的二级结构没有变化,两个品种的非编码区都有缺失和多余的部分,经过序列分析,得到BmABCD2蛋白的各项理化性质数据,综合预测结果显示该蛋白为家蚕ATP-binding cassette sub-family D member 2,存在ABC结构域和AAA结构域,定位于细胞膜,存在4个跨膜结构,且N端C端均不在胞内。4、利用生物信息软件对ABC基因家族密码子特点和使用偏好性分析,发现家蚕ABC基因家族的CDS序列的碱基组成具有多样性但是无明显偏好性,对34种密码子具有偏好性而且偏好使用A、G结尾的密码子,该家族各基因表达水平不同,家蚕ABC基因家族密码子偏好性受碱基突变和自然选择压力及其他未知因的影响,碱基组成约束在密码子使用偏好中起的作用更大。5、对白玉N品系BmABCD2进行RNA干涉,48h后观察到白玉N的血细胞成绿色荧光,说明BmABCD2被干涉后抗性品系白玉N失去对BmNPV抗性。个体存活率调查也证明,添毒的白玉N品系个体最终被病毒感染而亡,初步验证了BmABCD2在白玉N品系中具一定抗病毒功能。6、选择GST-Pull Down联合质谱筛选与ABCD2蛋白互作的蛋白,经肽指纹图谱分析,发现了15个可能与ABCD2蛋白直接或间接作用的蛋白。如液泡ATP合酶催化亚基A、丝氨酸蛋白酶-2、电压依赖性阴离子选择通道亚型X2、谷胱甘肽S-转移酶δ3亚型X1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、热休克蛋白70等。
其他文献
农业经济发展一定程度上可以反映当地经济发展状况的好坏,也可以作为农村经济政策成功与否的重要判断标准。本文详细分析了山西省农业经济的发展状况,指出了农民收入的变化情
进入21世纪,随着知识经济时代的来临,市场竞争压力的加大,企业在市场中遇到了越来越多的阻碍与束缚,如何能在变化巨大的市场环境中站稳脚跟,提高企业在市场中的竞争优势,增加
本文对目前国内所采用的防护装饰性镀铬工艺情况作了简要介绍,着重对我厂近十年来采用无氢防护装饰性电镀:HEDP镀铜/酸性光亮镀铜/光亮镀镍/镀铬工艺的生产、质量情况、镀液
福建是农田害鼠重发区,黄毛鼠是优势种。因受气候、地理地貌、耕作、栽培等影响,境内黄毛鼠发生危害差异大,给防制带来困难。1989年以来,我们在对黄毛鼠发生规律调查的基础上〔1〕,试验
孕产妇死亡率是衡量围产期保健和产科质量的重要指标之一,为了进一步降低死亡率,提高产科质量,现将我院14年来6例孕产妇死亡原因进行回顾性分析:1 临床资料1.1 一般资料 
一、背景和目前的有关争议2009年1月,欧盟发布了将航空业纳入碳排放交易体系的法令,规定航空公司进出欧盟以及在欧盟内部航线飞行,要为所排放的温室气体按照一定额度付费,并
在知识经济时代,人力资本成为推动经济发展的真正动力,它有着和物质资本投资明显不同的特点,教育投资是其核心,教育支出是一种人力资本的投资活动。高等教育消费是一种人力资
文章从检索范围、检索方法、检索结果以及检索效果等方面对WebofScience和GoogleScholar的引文检索功能进行了比较分析,指出它们各自的优势和不足。
当前,随着社会经济的快速发展,信息技术在当前各个领域获得了很好的应用,在当前的事业单位中会计信息建设已经成为一种必然的发展趋势。事业单位会计信息建设当中,其能够对会
研究背景近年来,由于广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂和各种化疗药物的长期大量应用,器官移植的普遍开展,获得性免疫缺陷综合症患者增多等因素,院内侵袭性真菌感染(invasive f