近年来，高等教育事业在中国的蓬勃发展，使得高等院校基本建设发展速度迅猛，规模扩大明显。随之而来的基本建设财务风险也日趋显现。因此，全面分析高等院校基本建设财务风险状况及其成因，建立高等院校基本建设财务风险评价指标体系，研究如何对高等院校基本建设财务风险进行全面有效的控制，已经成为当今高等院校迫在眉睫的课题。本文认为高等院校基本建设财务风险主要表现形式为投资风险、预算风险、负债风险、项目实施风险。文章对这四种风险的成因进行了全面分析，对高等院校基本建设财务风险有客观明确的认识。按照风险识别—风险度量—风险控制的程序，建立一套高等院校基本建设财务风险评价指标体系，提出完整系统的高等院校基本建设财务风险控制方案。文章开创性的设计了一整套高等院校基本建设项目财务风险全流程控制方案，同时首次提出以国库集中支付系统为平台，建立政府部门对高等院校基本建设项目的动态监控系统，引入外部控制来防止内部控制体系失效，避免财务风险的出现。文章最后以高等院校实际财务数据为案例，分析某高等院校基本建设财务风险，以评价指标体系对其财务风险进行评价分析，通过文章提出的风险控制方案对其出现的财务风险进行控制，确保该高等院校基本建设财务风险最小化。本文认为高等院校基本建设财务风险有其特殊性，是当今高等院校发展过程中必须面对和解决的实际问题，具有重要的理论意义和实际意义。