在2006年对其水质情况进行了每月一次的周年调查,2007年以及以后的时间又进行了若干次的水质调查。2006年调查结果表明,水体总氮(TN)和总磷(TP)的平均浓度分别为1.49mg/L和0.06mg／L,较2001到2002年分别增长了2.7倍和2倍。天目湖已经由2001到2002年的中-中富营养化状态转变为2006年的中富营养化状态。分析发现,天目湖水体中营养盐浓度影响最大的是上游流域输入；冬季天目湖上游输入的颗粒物是导致水体营养盐尤其是TN水平升高的主要因素,颗粒物的分布很大程度上决定了营养盐的分布。从营养盐在溶解态和颗粒态之间的分配来看,发现水体的营养盐尤其是氮素,随着藻类生物量的增加,溶解态的比例是下降的。随着营养盐的增加,藻类的数量和生物量与2001到2002年相比都有较大幅度的增加。从种类上来看,富营养型的藻类,尤其是蓝藻的数量增加；与此同时贫营养型的藻类数量减少。这些反映了营养盐增加对水体生态系统的影响。在2006年9月份进行了全湖沉积物的调查。横向分布来看,表层沉积物营养盐含量最高的点位是下游靠近大坝取水口附近,体现了不同湖区不同的沉积条件。营养盐与有机质的含量有很好的相关性,说明了营养盐主要是以有机态的形式存在的。垂向上来看,表层沉积物N、P含量明显高于其下各层,尤其对于营养盐含量较高的点位。无论是总氮和总磷都是从底部向表层有着逐渐增大的趋势。营养盐和沉积物有机质碳氮稳定同位素比值的垂向分布一起表征了天目湖这二十年来逐渐加剧的富营养化进程。溶解氧是影响水体生态系统的关键性因子之一,而温度是影响水体溶解氧的关键因素。通过对天目湖的调查表明,对于表层水体,非夏季月份,温度的增加会导致溶解氧浓度(以及饱和度)减少；而在夏季月份,由于浮游生物的活动,导致了表层较高的溶解氧浓度,并可能出现过饱和的现象。对与中下层水体,温度分层是影响溶氧浓度的关键因素：温跃层存在期间,底层出现缺氧,温度分层消失时底层溶氧又出现了回复,致使在一年之中底层溶氧存在缺氧-复氧-缺氧的交替循环。水库溶解氧对内源氮的释放有明显的影响,尤其是大坝取水口附近,由于夏季底层水体的缺氧,导致了沉积物中氨态氮向底层水体的释放,并导致了同期表层水体氨氮值也有所升高。对于疏浚前后的调查分析表明,底泥疏浚可以有效地减少夏季内源氮的释放,从而降低了溶解氧变化对氮释放的影响强度。根据2006年以及以后的若干次水质调查结果,以及对沉积物、渔业生产、浮游生物、底栖生物等综合调查结果提出并实施了天目湖的治理方案,即必须采取措施控制农业面源、入湖河流、旅游业等外源性污染以及降低水土流失造成的入湖悬浮物质含量以提高水体透明度,从湖泊外源、内源以及湖泊生态系统的物质循环三者之间的关系着手进行制定天目湖治理方案。2007年的再次调查结果表明这些措施的实施对水体营养盐含量以及浮游生物量的降低已初见成效。