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为了研究黄鳍鲷群体遗传结构和遗传多样性状况，利用PCR技术和直接测序的方法，测定了中国三个黄鳍鲷地理群体（广东深圳市、福建厦门市和广西北海市）共100个个体的线粒体DNA（mtDNA）D-loop控制区序列，另外，还从GeneBank（AF549503-AF549524）中下载了22条黄鳍鲷D-loop序列，通过排列得到了427bp序列，通过研究发现，这些黄鳍鲷群体存在着丰富的DNA序列多态性，共检测到106个多态性位点（24.82％），有10个插入缺失位点，转换大于颠换。122个个体有108个单倍型，单倍型多样度范围为0.9929～0.9952，核苷酸多样度范围为0.0125～0.0187。通过Nei’s遗传距离构建的分子聚类关系树中可看出，北海群体单独构成一支，而厦门群体和深圳群体构成另外一支；通过对三个地理群体进行的分子方差分析（AMOVA），从得出的Fst值和p值发现北海群体与其他两个群体间（厦门群体和深圳群体）存在显著性差异(BH和XM：Fst=0.5483 p＜0.001；BH和SZ：Fst=0.5609 p＜0.001)，而厦门群体和深圳群体间的差异并不显著(Fst=-0.0023，p＞0.05)，通过Wright公式Nm=（1／Fst-1）／2计算出这三个群体间的Nm值，可以看出厦门群体和深圳群体间存在有广泛的基因交流（Nm=204.09），而北海群体与其他两个群体间的基因交流却很有限（Nm值SZ=0.3914，XM=0.4119）。基于本研究的结果，我们认为，中国近海三个黄鳍鲷地理群体应为两个地理种群，北海群体为一单独种群，而厦门和深圳群体为另一种群。 利用PCR技术扩增了中国近海6个地理群体（福建省厦门市、福建省泉州市、浙江舟山市、广东深圳市、广西北海市和海南三亚市）215个二长棘鲷个体线粒体D-loop序列，得到了536bp片断。结果发现，6个地理群体内和群体间都存在着丰富的DNA序列多态性，共检测到91个多态性核苷酸位点（16.98％），插入缺失位点仅有5个，转换大于颠换。215个个体共得到了191个单倍型，其中共享单倍型24个。通过Arlequin2.0软件计算了这6个地理群体的单倍型多样性指数（h=0.9764～1.0000）和核苷酸多样性指数（p=0.0120～0.0144）。根据群体间Nei’s遗传距离用UPGMA法构建的中国近海6个二长棘鲷群体的分子聚类关系树和以及对群体进行分子方差分析（AMOVA），我们可以看出，变异主要发生在群体间的个体内（99.84％），仅有很少变异发生在群体间（0.16％），这6个地理群体间并不存在显著性的差异（p＞0.05），因此，可以认为这6个地理群体是同一种群在不同海域中的分布。