3种猪源DNA病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

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迄今为止,猪腺病毒(Porcine adenovirus,PAdV)可分为三个种(PAdV-A、PAdV-B、PAdV-C)、五个血清型(PAdV-1 到 PAdV-5),其中 PAdV-1到PAdV-3 属于 PAdV-A(主要致肠道疾病),PAdV-4属于PAdV-B(主要致脑、肾和肺的损伤),PAdV-5属于PAdV-C(主要致呼吸道疾病)。猪巨细胞病毒/猪玫瑰病毒(Porcine cytomegalovirus/Porcine roseolovirus,PCMV/PRV)感染可导致仔猪包涵体鼻炎和母猪繁殖障碍;PCMV/PRV可破坏机体的免疫系统造成免疫力下降,并造成严重的并发或继发疾病。PAdV和PCMV/PRV均增大了当前猪群患病的风险,因此,建立快速检测方法及对有关病毒进行全基因组测序,可为相关猪病的科学防控提供有力的技术支撑。本研究分别针对猪腺病毒3型(PAdV-3)、猪腺病毒4型(PAdV-4)和PCMV/PRV的保守基因,建立了 3种荧光定量PCR方法;并对1株PAdV-4进行了全基因组测序。首先选择PAdV-3、PAdV-4和PCMV/PRV的保守基因作为参考序列,针对PAdV-3 Hexon基因、PAdV-4 Hexon基因、PCMV/PRV DPOL基因设计、筛选用于荧光定量PCR的引物及探针;分别以浓度为1.0×107 copies/μL和1.0×104 copies/μL的PAdV-3、PAdV-4和PCMV/PRV的标准质粒为阳性对照,进行TaqMan探针荧光定量PCR扩增,建立了标准曲线,进行了敏感性实验、特异性实验、重复性实验。研究结果表明,建立的分别用于检测PAdV-3、PAdV-4和PCMV/PRV的3种荧光定量PCR方法均具有特异性强、敏感性高、重复性良好的特点。利用建立的3种荧光定量PCR方法分别对常州地区采集的154份临床样本进行了检验,结果显示,PAdV-3检出8份可疑样本,PadV-4检出4份可疑样本,PCMV/PRV检出1份可疑样本。其次,参考猪腺病毒4型Kasza_vL株的全基因组序列(GenB ank登录号:MN411632)设计引物,通过测序成功的序列调整未成功扩增区域的引物,对1株自吉林某猪场分离的PAdV-4 JL2018株进行了全基因组扩增、测序及遗传进化分析。测序结果表明,PAdV-4 JL2018株的基因组全长为29583nt;遗传进化分析结果显示,该毒株与国内唯一已知的PAdV-4参考毒株HNU1毒株(GenB ank登录号:MK774519)同源性最高,为98.5%,且共处于同一分支。本研究建立了 3种特异性强、敏感性高、稳定的荧光定量PCR方法,可分别用于检测PAdV-3、PAdV-4和PCMV/PRV。成功测序1株PAdV-4的全基因组序列,可为后续研究该病毒特征及进化状况提供理论参考。
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