基于行政协议所涉利益主体的多元性以及其不同于传统行政行为的协议性决定了行政协议第三人的产生和存在。但自行政协议出现至今,学界的研究一直侧重于对行政协议相对人一方合法权益的保护。鉴于新《行政诉讼法》的修改以及关于行政协议相关规定陆续完善,行政协议将会渐渐成为行政机关在公私合作领域内实现行政目标的主要方式。不仅在数量上、种类上,越来越多的行政协议会陆续涌现,现有的立法制度也逐渐不能满足复杂多变协议第三人的权益保障。司法实践中也可以看到,不同类型的协议第三人正在积极地参与到诉讼当中,力求争取自身合法权益,据此,关于行政协议第三人相关权益的研究保护需要引起重视。本论文围绕行政协议第三人相关权益保护的角度展开,侧重分析行政协议特有属性及协议第三人相关法律属性,确定下文将采用“保护规范理论”作为判断协议第三人的标准。通过查找相关案例,归纳总结出行政协议第三人目前存在合法权益受损害的困境,并大致分为缔约过程中的困境与参与诉讼过程中的困境。以上述困境为基础上深入分析,得出协议第三人在协议缔约前不享有知情权、参与权,在履行过程无法陈述申辩以及后续参与诉讼无法获得原告资格、获得赔偿补偿及难以维权的原因在于协议主体不平等性、协议类型复杂多变和程序立法不够完善等。针对上述原因,总结出从程序上完善相应制度、从实体法律上增加相应判断标准并趋于诉讼类型化的制度构想。