首先,审前羁押程序是整个刑事诉讼程序中的重要组成部分,而我国的审前羁押程序由于具有的浓厚的行政色彩而一直饱受国内学者诟病,表现为“上命下从”的行政审批式的行政化问题。一方面侦查行为在狱内自侦案件的整个刑事追诉活动中占主导地位,导致以律师帮助权为核心的有效辩护无法实现;另一方面长期以来监狱侦查机关以捕代侦、以捕代罚的滥用强制措施现象依然存在,造成了超期羁押、强制措施滥用以及冤假错案等严重的社会问题。监狱改革一直追赶司法改革的步伐,虽前途光明,但任重道远且困难重重。本次研究虽是从监狱——国家司法机关为起点,但最终落实在基本权力保护的弱势群体——罪犯。其次,在我国现阶段的法治建设中,监狱既是社会治理的工具,也是国家法治文明发展程度的标志。但监狱因其自身具有的封闭性特点,而易被忽略。首先,通过对监狱自侦案件的羁押程序行政化问题表现进行了梳理,坚持以法治和人权保障的价值原则为指导,力图还原审前羁押程序行政化问题在监狱自侦案件中的“全貌”,扩充了我国审前羁押程序行政化问题的研究维度。对于监狱自侦案件中羁押行政化问题的研究,首先依托于我国狱内又犯罪案件中对于狱内侦查权行使、狱内羁押的现状等司法实践活动,厘清阻碍程序正义的障碍因素,归纳出在司法实践中狱内自侦案件羁押行政化问题的原因,提出对狱内自侦案件的审前羁押机制向诉讼化转型的方案。而对于有些矛盾或者问题的出现,通过历史分析法探究其历史根源。只有追根溯源,才能弄清来龙去脉,才能提出符合实际的解决办法。本文将通过分析监狱的管理体制的历史沿革,以揭示我国监狱在羁押行政化问题产生的最初历史背景,探寻该问题的历史根源。同时,从监狱又犯罪的追诉视角展示了我国刑事诉追诉中存在的问题——即追诉权膨胀、缺少监督机制,而这种问题的根源则在于我国刑事诉讼的体制性缺陷,为羁押程序诉讼化改革厘清障碍因素。通过对监狱自侦案件的羁押程序行政化问题的原因分析,有利于理顺诉讼体制,实现刑事审前程序的正当诉讼结构,保证程序正义,也对构建文明、科学的刑事司法制度具有意义。对监狱内羁押程序诉讼化机制构建的研究,一方面有利于监狱审前追诉中以权力制约权力、以程序制约权力、以权利制约权力,以及权力保护权利、以程序保护权利;另一方面,对于实现打击、控制狱内犯罪与保障人权的动态平衡具有意义。最后,探索诉讼化的转型,其实质和核心是在坚持宪法基本原则的基础之上,通过弥补现有诉讼程序中的结构性缺陷,保证各方参与、平等对抗,保证检察官居中裁判的司法性,实现狱内自侦案件的诉讼程序“以侦查为中心”向“以诉讼为中心”的转型。完善司法监督,实现对侦查机关的权力制约,防止司法擅断、保障犯罪嫌疑人的诉讼地位以及合法权利。