黄山松(Pinus taiwanensis)是中国特有树种,具有极大的经济价值、生态价值和社会价值。黄山松地理变异的研究无论对黄山松种质资源保护利用,还是对于人工天然黄山松引种的生产实践均具有重要的意义。本文主要从形态和分子两个水平对大陆地区15个不同地点的天然黄山松地理变异情况进行研究。应用SPSS13.0和SAS统计软件从形态水平对选取的各地黄山松球果的长、球果直径指标,针叶鲜重、针叶生物量、针叶含水量、针叶长、针叶直径、针叶表面积指标以及扫描电镜下针叶的表面特征等指标进行统计分析,并通过典型相关分析揭示不同指标的各自的地理变异模式。在分子水平采用PCR-RAPD方法进行DNA进行扩增,对其进行分子标记,然后借助Popgene32软件对多态位点比率和遗传一致度以及遗传距离进行了分析,揭示天然黄山松的遗传和变异的规律,从而实现从分子水平对各地黄山松进行了归类。最后对大陆地区天然黄山松的分布区进行聚类、比较和优选出最佳的地理变异类型区划格局。结果表明:(1)天然黄山松各分布区球果长、球果直径、针叶长、针叶直径、树脂道和电镜观察下的气孔宽、气孔行间距和气孔密度等指标组间地理差异都显著或极显著。(2)球果长和球果直径指标受经度和纬度双重控制,但是经度因子起主要作用。球果长和直径具有一定程度的经度地理变异模式,即随着经度的增加,球果长和直径有减小的趋势。(3)针叶长、针叶含水量、针叶鲜重和针叶表面积四个指标随地理经度的减小,有增加的趋势;针叶直径与地理、气候因子的关系则恰好相反。针叶生物量、气孔间距、密度指标都与经度因子有相关关系,也在一定程度上说明具有经度地理变异规律。(4)黄山松针叶的树脂道数目与经度和纬度两个地理因子关系不显著,但是受到热量(日照时数、≥10℃的积温)和水分因子(降水量)关系的显著影响,尤其受到≥10℃的积温因子的影响。且树脂道的数目约有96.7%是由环境和地理因子的线形关系来决定。(5)从30条随机引物筛选出了16条。这16条随机引物护增出的谱带数目在4-10条之间,共扩增出118个标记,其中多态位点数目为98个,平均每条引物检测到6.125个多态位点,多态性位点数占总体的83.05%。(6)不同天然黄山松居群间的遗传一致度在0.5-0.8之间变化。表明各居群之间的亲缘关系很近。其中安徽岳西妙道山居群和安徽黄山居群的遗传一致度最大,安徽九华山居群和湖南幕阜山居群的遗传一致度最小。不同居群的遗传距离变幅为0.1-0.6间变化,岳西妙道山居群和安徽黄山居群遗传距离最小,而安徽九华山居群和湖南幕阜山居群的遗传距离最大。(7)15个不同居群间的遗传距离和地理距离关系较密切,成显著“S”型关系,也就是说地理距离愈近的天然黄山松居群,其遗传距离也愈近;而居群间地理距离愈远,其遗传距离也愈远。(8)利用气孔特征的五个指标、全部形态指标对采样的15地点进行聚类。根据聚类结果把15个样点都分成A、B、C、D、E、F共6个地理变异区,且6个区的地理位置都与经度地带性分布规律基本一致,即天然黄山松的气孔地理变异情况随着水分和湿度的降低而不断的变化。用Popgene32软件根据遗传距离采用类平均法聚类(UPGMA)法进行聚类,结果被也被分成A-F 6个地理变异类型区。(9)在基于形态水平和分子水平的聚类结果和区划的基础上,本文优化出中国大陆地区天然黄山松分布区的的最佳地理变异类型分布格局,把其分成(A)闽南区、(B)闽赣区、(C)湘西南区、(D)皖浙区、(E)鄂湘赣和(F)豫皖大别山区共6个地理类型区。