蛋白质折叠模型的研究

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蛋白质是生物体中最重要的一类物质,在生物体的各种生命运动当中起着重要的作用。蛋白质的折叠模型的研究是当下的热点问题之一,不仅对理解蛋白质的折叠机制有很大的帮助,而且具有广阔的应用前景。本文的研究内容如下:1、提出一种基于残基接触数的折叠速率预测方法,通过实验测定二态和多态蛋白质接触数与折叠速率相关性,以C。原子为特征时达到了0.832,以N原子为特征时达到了0.903。这说明了残基间相互作用对折叠速率有很大的影响,Jackknife检验也说明了以N原子为研究对象得到折叠速率预测效果要优于C。原子。2、提出一种基于序列疏水距离的折叠速率预测方法,利用序列疏水距离的方法来提取蛋白质氨基酸的序列顺序信息。经过Jackknife交互检验,相关系数达到了0.704。表明了氨基酸疏水作用力是影响折叠速率的一项重要因素。3、提出了一种基于序列疏水值震荡的折叠速率预测方法,利用序列疏水值震荡的方法来提取蛋白质氨基酸的序列顺序信息,建立线性回归模型进行折叠速率预测。对含有62个蛋白质的数据集,经过Jackknife交互检验验证,相关系数达到0.804,显示了很好的相关性,说明了氨基酸序列信息对蛋白质折叠速率影响重要。同其他方法相比,该方法具有计算简单,输入参数少等特点。4、利用前人的哈密顿路模型,研究了蛋白质图论中不同权值在4种结构类中的分布问题。经过方差分析结果表明,权值在3.78A-3.79A与3.89A-3.90A的分布在不同类型的蛋白质结构存在显著差异。说明了图论方法能够应用在折叠类型分类研究中,为下一步的研究提供新的思路。
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