随着经济的发展，上市公司获得了空前的发展机会，与此同时上市公司的财务造假案也频繁发生，这让投资者意识到不仅要对上市公司财务报表进行审计，同时也应对其内部控制采取“必要措施”。安然和世通公司的财务舞弊直接催生了《萨班斯—奥克斯利法案》(以下简称萨班斯法案)的出台。萨班斯法案第404条规定:上市公司应对自身内部控制进行自我评价，同时应聘请会计师事务所对这一报告进行审计。在国内，内部控制审计也得到快速发展，较为丰富的理论基础对指导我国内部控制审计实务有重要作用。本文以山东新华制药股份有限公司（以下简称新华制药）为例对内部控制审计进行案例研究，主要是考虑到新华制药作为境内外同时上市公司，在满足国内关于内部控制的条件外，还要满足国外的条件，而国外的条件比较严格，其内部控制具有一定的“标杆作用”。但在2011年强制实行内部控制审计后，新华制药却出现如此严重的内部控制缺陷，其背后问题值得我们深思。本文分析了2011年度新华制药内部控制审计的流程，通过流程分析找出了新华制药内部控制审计中存在的问题：新华制药存在内部控制自我评价不到位、设计与执行存在缺陷、独立监督体系失效、注册会计师胜任能力不足等问题。分析了产生这些问题的原因：对新华制药内部控制制度监管不到位和对注册会计师胜任能力提升不够重视，同时针对这些问题提出了相应的建议，期望能对我国内部控制审计起到积极的作用。本文可能的创新点在于建议方面的创新。本文提出由上市公司监管部门成立一个独立机构，对现有上市公司内部控制建设与执行情况进行抽查，抓出典型，制定措施，完善上市公司内部控制建设与执行方面的规定，督促上市公司对自身内部控制自查自纠；建议成立注册会计师考核管理委员会，建立对注册会计师的评价体系和电子档案，鼓励注册会计师积极提高专业胜任能力。