在猪的基因组中,除了传统的蛋白编码基因之外,还存在着一种以RNA形式直接行使功能的特殊基因——非编码RNA基因。由于其广泛参与细胞中的各种生命活动,近年来已成为研究热点。鉴于目前,人们的注意力高度集中于短链非编码RNA的状况,本研究将重点聚焦于猪核仁小RNA和mRNA-like两类新型非编码RNA上。主要采用cDNA文库构建与生物信息学预测相结合的方法,对新基因进行了分离,特性鉴定和表达模式检测,同时还对其功能分别做了初步的分析。主要研究内容和结果如下：1猪两类非编码RNA新基因的分离与预测在对核仁小RNA基因进行的研究中,我们以中外两猪种各三个不同发育时期背最长肌总RNA混合样品池为材料,利用人工接头配合聚丙烯酰胺凝胶电泳的方式,对特定分子长度的RNA进行分离、纯化,成功构建了一个核仁小RNA的特异性cDNA文库。在我们通过测序鉴定出65个全长目标基因的同时,还利用生物信息学方法预测得到了另外55个新的基因,最终,我们共计发现了120个猪核仁小RNA新基因。在对mRNA-like非编码RNA基因的研究中,我们利用来源于全长非编码RNA数据库中的,共计512对进化保守的转录本作为种子序列,搜索具有同源性的猪源EST序列。经过软件拼接,我们初步得到了119条可能的候选基因拼接产物。接下来,在预先设定参数阈值的情况下,将所得序列再逐一经过DNA、mRNA以及蛋白序水平的3次检测,剔除具蛋白编码潜力的假阳性结果,最终得到了93个新的猪mRNA-like非编码RNA基因。2两类非编码RNA新基因一级结构的特性鉴定在核仁小RNA基因方面,我们对通过测序发现的65个全长基因的序列特征(包括长度、GC含量以及C、D、H和ACA box等4个结构元件的序列保守性等3个方面)做了统计与比较。结果发现：H/ACA类核仁小RNA的序列长度与GC含量分布均表现出取值范围窄但均值高的特点——这与C/D类宽且低的特点正好相反；另外,D和ACA box的碱基保守性也明显分别高于C和H box。在mRNA-like非编码RNA基因方面,我们选择了8个代表性基因进行序列进化保守性分析,结果发现：猪mRNA-like非编码RNA总体上在不同物种间的保守性较低——仅在真兽亚纲动物,这一较窄范围内中表现出一定的序列相似性。3两类非编码RNA新基因的染色体定位对全体120个核仁小RNA新基因的染色体定位分析显示：共有91个新基因得以成功定位,其中9号染色体上包含了22个新的基因,而第2、5、18和Y染色体则没有发现任何定位结果。接下来,在综合考虑人类同源基因与相应宿主基因关系的基础上,我们将这91个基因根据其定位信息进行归纳,发现了9种不同的基因组织形式。同时,借助已公布的猪基因组序列,我们成功将所有新发现mRNA-like非编码RNA基因中的72个进行了染色体定位。其中,1号染色体上定位了8个基因,为各染色体定位基因数量之首,同时,17号和Y染色体上却没有发现本研究涉及的各mRNA-like非编码RNA基因。4两类非编码RNA新基因的功能分析我们依据推定的猪各新核仁小RNA基因的引导序列,参考判断其特异性修饰位点的经验性原则,绘制出了猪U6 snRNA、5.8S和18S rRNA序列的修饰位点图,结果发现多数位点在物种间高度保守。由二级结构预测与同源性比对结果,我们发现名称为sTF35495的mRNA-like非编码RNA基因可能编码—尚未在猪中验证过的微RNA——microRNA-568;同时,后续的RACE-PCR试验成功获得该基因长达3 kb的全长cDNA序列,对其进行的开放式读码框预测分析确未发现其具有说服力的蛋白编码证据。5两类非编码RNA新基因表达模式分析利用基因特异性引物逆转录所得的,不同猪种不同发育时期背最长肌的cDNA样品,我们定量检测了6个分别属于两类核仁小RNA目标基因的表达模式,结果发现：随着发育时期的推进,参与定量试验各基因的表达模式在两猪种间的差异明显。在湖北通城猪中,所有基因的表达量均呈现出先下降后上升的波浪式表达,而长白猪中各基因的表达量则一致地随时间轴呈现上调表达。在对8个mRNA-like非编码RNA基因进行的半定量PCR研究中,我们发现了2种不同的表达模式：部分基因表现出了明显的组织特异性而其余则呈现出广泛表达的特征。对其中的2个我们还进行了进一步的定量PCR验证,结果与半定量表达谱相吻合。