日趋突出的公害犯罪正在给我国民众生活带来巨大威胁,并严重动摇着中国社会可持续发展的基础。公害犯罪具有原因行为异常复杂、危害结果显现迟延、后果极其严重、加害方知识排他垄断等显著特点,在此情况下,若坚守传统的刑法因果关系理论,不但刑事诉讼会陷入不必要的科学论争,而且也往往会因为控方无法证明事实因果关系的存在而使大量的公害犯罪得不到应有的制裁,使受害者的权益得不到及时的救济,有损于公平正义的法制理念。因此,应当在公害犯罪因果关系的认定中引入推定原则。本文分四个章节对公害犯罪中的因果关系推定原则作出了深入的分析。第一章对公害犯罪作了基本的概述,界定了公害犯罪的定义并在此基础上并分析了公害犯罪的特点。第二章探讨了传统的因果关系理论,并通过具体案例分析传统理论在认定公害犯罪因果关系时遇到的困境,进而提出要在公害犯罪因果关系的认定中引入因果关系推定原则。第三章分析了公害犯罪因果关系推定原则及其主要理论学说和因果关系推定原则在公害犯罪中运用的合理性。第四章是本文的关键部分和创新点所在,提出了因果关系推定原则在公害犯罪中适用的具体方法和限制性规定,最后提出了将公害犯罪因果关系推定原则成文化的模式。