一个国家的经济想要保持长期稳定的增长，就必须有自主创新的推动。目前，我国已经成为一个经济大国，但还远不是经济强国，究其原因就是我国企业的自主创新能力严重不足，这直接阻碍了我国经济的发展，严重制约我国从经济大国转变为经济强国的速度。我国要由经济大国转变为经济强国，我国的企业就必须加大自主创新的力度，但现在的问题是我国企业的自主创新效率比较低？为什么会出现这种现象呢？理论与实践表明，资金的充足与否与企业创新是否成功紧密相关，在创新过程中，持续的资金投入是创新成功的必要保证和有力支撑。以前企业简单地依靠政府资金投入来获取资本，促进企业自主创新的行为，导致企业自主创新效率始终比较低下，一直制约着我国创新的发展。在这种情况下，资本市场的发展和完善可以有效改善企业自主创新的低效率现象。虽然，我国的资本市场已经初步建立，但是还不够完善，其功能还没有有效发挥，尤其是场外市场的发展更是缓慢，严重制约了中小企业的创新。最近，我国正在大力发展新三板市场和区域性股权市场，构建多层次资本市场，以便为中小企业提供了良好的融资平台。在此机遇下，企业如何利用多层次资本市场大力发展自己、加大企业的创新力度、保持稳定的增长、发挥资本市场的功能，是理论研究人员所关注的重点。本文就是在此背景下，从研究资本市场的功能入手，进而探讨了企业自主创新所需要素和企业自主创新的基本特征。从两者之间隐含的关系入手，详细论证资本市场的两大推动机制——资本供给机制和价格发现、分散风险机制，如何通过不同的途径促进企业自主创新。然后论证了资本市场的两大推动机制要发挥对企业自主创新的促进作用，就必须构建资本市场的两大平台——融资平台和集聚平台。然后，运用面板数据论证了资本市场对企业自主创新的影响。检验结果显示，资本市场的两大推动机制——资本供给机制和价格发现、分散风险机制可以促进企业自主创新。通过理论和实证检验，从宏观和微观两个方面证明了资本市场对企业自主创新的支持作用不可或缺。最后，从企业自主创新的不确定性、资本市场融资的稳定性和易得性的角度进行了分析，认为资本市场融资平台和集聚平台的建立可以有效促进企业自主创新的发展与实现。