我国与其他绝大多数国家一样,都采用著作权法保护计算机软件。传统的著作权作品一般都是供人们阅读和欣赏的,而计算机软件则不同,它是一种兼具作品和工具双重属性的新型技术知识体,其根本价值在于其内在的功能性。这就使得软件著作权侵权的认定在很多细节上与传统的著作权作品不同。而且,计算机软件自身技术性强,涉及的法律问题比较复杂,导致司法实践中对软件侵权的认定一直以来都是一个难题。“实质性相似加接触”原则是软件侵权案件中最常用的认定方法。首先,对涉案的两款软件是否实质性相似进行判断。然后,再认定被告是否有“接触”原告软件的机会或条件。值得注意的是,原告只需证明被告有“接触”的可能即可,而不要求证明“接触”的具体事实。最后,针对实质性相似,给被告一个提出合理解释的机会。在对软件反向工程进行侵权认定时,应当区分商业性使用和非商业性使用,采用不同的认定标准。在非商业性使用情况下,可以采用国际通行的“三步检验标准”;在商业性使用情况下,应当具体认定行为人是否为合法用户、是否只为获取软件的兼容信息、是否可以通过其他途径获取兼容信息。也就是说,在商业性使用情况下,只有合法用户为获取兼容信息实施反向工程才是合法的。在对软件最终用户进行侵权认定时,应当重点考察商业性使用要件和过错要件。司法实践中,在适用“实质性相似加接触”原则时,存在着重“实质性相似”、轻“接触”的倾向,这是不可取的,要重视对“接触”的认定。而且,法官在裁判过程中要尽到裁判职责,不能过度依赖鉴定结论。此外,在软件侵权案件中,公证机关的公证取证要符合法律规定的程序,技术鉴定人员应当透明化。