东北肉羊LPL基因多态性与肉质性状的关联分析

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本试验以脂蛋白脂肪酶(Lipoprotein Lipase,LPL)作为东北肉羊肉质性状的候选基因,研究其外显子上的单核甘酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及其与肉质性状的关联,为改善肉羊肉质及其遗传育种提供分子生物学基础。本试验以48头成年健康的东北肉羊肌肉组织样本为材料,提取总RNA与基因组DNA,采用RT-PCR和TA克隆方法成功克隆了东北肉羊的LPL基因c DNA序列并对其进行生物信息学分析;将LPL基因作为肉质性状的候选基因,应用直接测序和PCR-RFLP相结合的方法对LPL基因部分外显子进行SNPs筛选,并通过一般线性模型分析研究了LPL基因多态性与肉质性状的关联。主要试验结果如下:1.提取了总RNA,通过RT-PCR的方法,克隆了东北肉羊LPL基因的完整编码序列,并对其进行了序列测定。对东北肉羊LPL基因完整编码序列进行生物信息学分析,结果表明,东北肉羊LPL基因ORF(开放阅读框)长1 437bp,共编码了478个氨基酸。2.通过直接测序及PCR-RFLP技术,对东北肉羊LPL基因第3、4、5和6外显子进行序列测定与多态性分析,发现LPL基因第3和4外显子上存在SNPs位点,而第5和6外显子则未发现SNPs位点。这些SNPs位点分别是:第3外显子46 bp处T/C(T304C),第3外显子126 bp处A/T(A384T),第4外显子24bp处T/C(T462C)。这3个SNP位点都没有引起氨基酸变异,属于同义突变。3.对东北肉羊第3外显子A384T突变位点进行酶切与基因分型,并统计基因频率、基因型频率、χ2-Hardy-Weinberg平衡状态、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)等数据。结果表明,东北肉羊群体在该位点的遗传变异为低度多态(PIC<0.25),并处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。4.对第3外显子A384T突变位点各基因型与肉质性状进行关联性分析,结果表明该位点TT型滴水损失极显著高于TA型和AA型(P<0.01);TT型p H1值显著高于TA型(P<0.05),与AA型则差异不显著(P>0.05);压榨损失、熟肉率和剪切力性状在各基因型间差异不显著(P>0.05)。TT型肉豆蔻酸含量显著低于TA型和AA型(P<0.05);TT型棕榈酸含量显著低于TA型(P<0.05),与AA型则差异不显著(P>0.05);其余脂肪酸含量在各基因型间差异不显著(P>0.05)。TT型甘氨酸含量显著高于TA型(P<0.05),与AA型差异不显著(P>0.05);TT型精氨酸含量显著高于TA型和AA型(P<0.05);其余氨基酸含量在各基因型间差异不显著(P>0.05)。
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