分子模拟对于生物体系中分子水平的作用机制、结合模式的研究有重要的意义,能够研究一些实验上难以解决的问题,本文利用分子动力学模拟等计算模拟方法研究了脱落酸受体PYL1的变构机制、PYL1受体和HPPD酶与它们抑制剂的结合模式。晶体结构显示,PYL1受体自由态与复合物之间存在腔口打开/关闭的不同,但是目前对于其开关的具体机制不太明确,本文利用分子模拟这一方法对其进行了研究。分别以PYL1自由态和复合物的晶体结构为初始结构进行了 1微秒分子动力学模拟,通过对轨迹的对比分析,发现了对变构起到关键作用的氨基酸残基,并在此基础上提出了 PYL1受体变构机制的假说。脱落酸是公认的五种植物激素之一,由于脱落酸结构稳定性差、合成成本高等原因使得脱落酸目前在农业生产中并没有得到广泛的应用,然而由于脱落酸与作物的耐旱、耐寒、耐盐等抗逆性有重要关系,因此开发新型结构稳定、成本低廉的脱落酸类似物有非常重要的意义。本文对脱落酸受体PYL1与底物ABA以及重要类似物Pyrabactin的复合物进行了分子动力学模拟,模拟轨迹稳定在与晶体结构一致的构象,并且模拟过程中结合腔中的水桥作用能够稳定存在;对7种Pyrabactin类似物(#32、#68、#71、#98、AM1、AM2、AM3)进行了分子对接和分子动力学模拟,采用MM/PBSA的方法计算了结合自由能,结果与报道的活性一致,进一步验证了所建立的模拟模型的合理性。并进一步在此基础上设计了 3种类型共9个Pyrabactin类似物,均进行了分子对接、分子动力学模拟、结合自由能计算等,为后续的结构改造提供了设计思路。另外,针对HPPD这一重要的除草剂靶标酶,运用分子对接、分子动力学模拟等方法研究了几种代表性的三酮类抑制剂与HPPD的结合模式,采用MM/PBSA的方法计算了结合自由能,计算结果与实验值可以较好的吻合,验证了模拟所得结合模式的合理性,为后续HPPD三酮类抑制剂的设计开发提供了理论基础。