制药废水的成分复杂,废水中污染物如:COD、NH₃-N（氨氮）、SO₄^2-（硫酸根）等浓度较高,对附近居民生活和农作物有一定危害。IC厌氧反应器作为一种最常见的废水处理工艺,在处理高盐度废水时,去除率会受到一定的影响。之前的研究发现:耐盐菌在处理一些高盐度废水时,去除效率高、出水效果好,因此,本研究将耐盐菌应用于IC厌氧反应器对高盐度制药废水的处理中,研究投加耐盐菌群的IC厌氧反应器与普通IC厌氧反应器,对各污染物指标去除能力的不同。再通过高通量测序来探究两组反应器内,微生物多样性和群落的变化,从生物学角度分析两组反应器去除能力不同的原因。研究的结论如下:（1）使用常规厌氧污泥的反应器记作A组,投加耐盐菌群处理过的反应器记作B组。A组COD的去除率于启动期第53天达到60%以上,稳定运行后平均去除率为65.44%;稳定后出水NH₃-N浓度大于进水NH₃-N浓度;SO₄^2-的去除率于启动期的第43天达到65%以上,稳定运行后平均去除率为70.98%。B组COD去除率于启动期37天即可达到60%以上,稳定运行后平均去除率为80.10%;稳定后出水NH₃-N浓度大于进水NH₃-N浓度,但略低与A组的出水浓度;SO₄^2-的去除率于启动期的第39天就达到65%以上,稳定运行后平均去除率为75.33%。B组投加耐盐菌群处理过的反应器的启动速度比A组常规污泥的反应器快,稳定后COD、NH₃-N、SO₄^2-的去除率也高于A组常规污泥的反应器。（2）两组反应器启动和运行阶段,pH均保持相对稳定。启动初期两反应器的VFA最大值为3.5mmol/L;启动中后期,VFA在2.0³.0mmol/L之间变化;运行期VFA稳定在2.0³.1mmol/L之间;两组反应器均未产生酸化。（3）对两组反应器按照不同阶段取样高通量测序,发现加入耐盐菌群落以后的反应器,细菌的OTU数降至600,香农-威纳指数降至3.01;古菌的OTU数降至33,香农-威纳指数降至0.94,反应器内细菌和古菌的生物多样性反而低于普通厌氧污泥。（4）对反应器内部的细菌测序后,发现反应器稳定运行后,A组的厌氧污泥中变形菌所占比重为28.8%²9.0%,B组的变形菌所占比重为32.3%³3.2%,变形菌门的比重的提高,使COD的去除率提高;A组绿弯菌门所占比重为16.2%¹6.4%,B组所占比重为26.5%²6.7%,绿弯菌门的比重的提高,使COD去除率和硫酸根去除率提高;A组厌氧绳菌属所占比重为20.0%;B组反应器所占比重为25.1%,厌氧绳菌属所占比重的提高,使氨氮和COD的去除率提高。（5）对反应器内部的古菌测序后,发现反应器稳定运行后,A组广古菌门比重达到90.94%;B组比重达到93.46%;A组甲烷微菌属比重达到76.67%,在B组比重达到83.34%,广古菌门和甲烷微菌属比重的逐渐提高,使得B组反应器污染物指标去除率提高。