科技创新已成为提升区域核心竞争力和促进区域经济发展的主要动力。创新体系中最为重要的就是科技创新。科技创新作为创新系统的核心概念,是提升区域经济的核心力量,也是提高区域竞争力的重要因素。本文将科技创新过程划分为研究子系统(系统1)和市场化子系统(系统2),运用三阶段DEA-Tobit模型,选取各项投入和产出指标,选取人均GDP和万人国际互联网上网人数作为环境因素,对中部六省2012-2017年数据进行分析。效率分析结果表明:(1)总体来看,系统2创新效率低于系统1。(2)环境因素对科技创新效率的影响通过了显著性检验(3)剔除环境因素影响后,以2014年为界限,前期六省整体创新综合效率被低估,后期整体创新综合效率被高估,河南、山西等省份环境因素对其有抑制作用,湖南、安徽等省份会利用本省优质的环境因素提高效率。(4)2012-2017年间,系统1表现为规模报酬递增,系统2前期表现为规模报酬递增,后期表现为递减。影响因素方面,中部六省区域科技创新系统1和系统2效率与市场法律制度环境、金融机构贷款余额占地方生产总值比例、第三产业占生产总值比重、对外开放程度、人均教育支出、企业R&D投入强度均呈正相关,其中企业R&D投入强度在创新系统1中效果不显著。地方财政科技支出与系统1和系统2呈负相关。内资企业所得税总额占地方生产总值比重与系统1呈正相关与系统2呈负相关且效果不显著。最后,文章分别从政府资金支持、法律环境构架、金融服务、产业结构和机构合作、对外开放程度、高等教育投入等方面对如何提高中部各省科技创新效率提出了建议。