本文主要讨论了我国基金会法人内部治理结构的基本法律理论，并对现实中基金会发展面临的一系列问题进行了分析。笔者以基金会法人内部治理结构的理论为切入点和突破口，以期为现阶段我国基金会的发展路径提供一个参考。基金会法人的内部治理结构概念来源于公司法人治理制度，并在近二十年成为了学界关注的焦点。这个问题的核心在于基金会法人作为一个组织严密的整体，要保证其合法、健康的运作，其内部各个部门之间的权力配置一定要科学合理。而基金会内部权力配置的关键是处理好理事会、监事会和秘书处（执行层）的关系。世界上以及我国的情况主要是理事会权力过大，监事会受到挤压。执行层任意妄为。这些情况一定程度上都不利于基金会的发展。本文主要通过四个部分来论证我国基金会内部治理结构的改革方向。首先研究了基金会法人内部治理结构的基本概念以及世界各国法律对基金会内部权力关系分配的基本立法思想。以此作为本文研究的基础；然后再分析我国现行法律在基金会法人内部治理结构方面的具体规定，从而对我国基金会内部治理结构的法律环境有一个清晰的把握；其次再深入剖析最近几年我国基金会发生的各种事故，抓住基金会发展存在的主要问题；最后为我国基金会的健康发展提出建议。我国现阶段法律对基金会法人内部治理结构规定中出现的主要问题有三个方面：权力配置过重、权力配置过轻以及权力行使程序不够细化。权力配置过重的主要表现是在理事会的决策权和秘书处的执行权上，由于法律对理事会的权力规定比较宽泛，导致理事会权利膨胀，甚至侵占了执行层的领域。而秘书处本身实际执行理事会的决定，但由于其本身事务和机构的相对独立型，导致了很多时候会有独立决策行事的可能性，增加了基金会的运作风险。权力配制过轻则是体现在法律对监事监督权的规定较少，这就导致了监事在实际监督中处于弱势地位。而权力行使程序不够细化则是主要表现在监事监督权的行使上没有完善的规定，导致监事在一定程度上被架空权力。