中国铁路集装箱运输业的发展起步早，发展却远远落后于我国经济及其他集装箱运输方式。而限制铁路集装箱运输发展的问题根源在于经营管理措施和手段与市场严重脱节，优化办理业务流程是建立面向市场机制的基础。我国正处于集装箱多式联运发展和铁路经营改革的关键时期，有必要对铁路集装箱运输办理业务流程优化方法分析研究，并提出合适的优化方案。本文首先应用雷达图分析法，从系统地分析铁路集装箱运输绩效影响因素入手，建立了绩效评价指标体系，构建了与其他集装箱运输方式对比分析的雷达图，指出铁路集装箱运输发展的优势与劣势所在。然后对现行的铁路集装箱运输办理业务流程进行了剖析，详述了绩效指标与办理业务流程环节的对应关系，以及流程环节对绩效指标的影响方式和造成的后果。在此基础上指出优化流程应该从三个方面入手：（1）完善集装箱管理信息系统建设，建立完整的集装箱追踪信息链（网）和市场资讯网，提供优质的电子商务平台服务，快速汇总各地区资料进行统计分析，为实现作业流程优化奠定基础；（2）提高集装箱运输管理的控制力与执行力，在现行的铁路体制下，如何通过控制资产加强对车站的影响力，与铁路站、段管理部门真正实现平等合作，为办理业务流程优化方案的实施提供基础平台；（3）调整、重新设计办理业务流程关键环节作业程序和衔接方式，以及配套的管理规定，完善作业流程环节，实现流程的合理化与严谨性。然后采用标杆法与海运等行业标杆进行比较，研究这三个措施的具体实施方法，得出了铁路集装箱运输办理业务流程优化方案。最后利用中铁集装箱运输有限责任公司广州分公司的实际探索案例验证了优化方案的可行性。