肉中脂肪酸是重要的营养和风味物质,其差异受多种因素影响,品种间的差异是影响脂肪酸含量的重要因素之一,目前国内外对品种间脂肪酸差异研究越来越多,但在羊上的研究相对较少。不同品种羊肉的脂肪酸指纹研究以及其沉积和代谢相关的蛋白研究更少,在察哈尔羊研究上还是空白。本实验通过构建了乌珠穆沁羊、杜泊羊、察哈尔羊和萨福克羊背最长肌脂肪酸指纹图谱,根据相似度差异探究引起指纹图谱差异的蛋白质组因素,为后期内蒙古地区肉用绵羊品种鉴别和乌珠穆沁羊与察哈尔羊肌内脂肪沉积差异进行分析。本实验通过GC-MS技术和中药色谱指纹图谱相似度分析软件,构建内蒙古地区四个绵羊品种的脂肪酸指纹图谱,在针对指纹图谱相似度差异进一步通过UPLC技术探究引起乌珠穆沁羊和察哈尔羊背最长肌脂肪酸差异的蛋白组分析。最后通过Western Blot技术对差异蛋白表达量进行计算,观察实验结果是否和SWATH技术检测的蛋白表达量差异相符。实验一结果为:经过对内蒙古地区四个肉羊品种指纹图谱的构建,发现存在10个共有峰可作为判别峰,经过相似度检验发现,乌珠穆沁羊和察哈尔羊相似度最低,杜泊羊和察哈尔羊相似度最高。又经过主成分分析结果验证此方法具有可行性。实验二结果为:经过检测在1%FDR（假阳性）的条件下发现察哈尔羊背最长肌总蛋白784个,肽段10897个,图谱47755个。乌珠穆沁羊背最长肌总蛋白803个,肽段9850个,图谱58007个。经过GO富集分析发现:察哈尔羊共富集生物学功能106个、细胞学功能74个、分子功能40个;乌珠穆沁羊共富集了生物学功能共94个、细胞学功能71个、分子功能40个。经过KEGG富集分析发现:察哈尔羊共富集了81个信号通路;乌珠穆沁羊富集了69个通路。实验三结果为:经过差异蛋白筛选:共筛选出182个差异蛋白,其中察哈尔羊肌肉中上调蛋白73个、下调蛋白109个。差异蛋白的GO富集分析:参与生物学功能上差异的蛋白主要富集45个功能;在细胞组分上富集有29个功能;在分子功能上富集18个功能。KEGG富集分析:富集了30个通路。其中与脂肪酸代谢相关的通路只有1条。3个蛋白参与其中,为ACAT1、ECHS1和HADHB。且都在察哈尔羊上高表达。经过蛋白网络互作发现三者间具有相互关系。实验四结果为:通过Western Blot技术对乌珠穆沁羊背最长肌与察哈尔羊背最长肌中ACAT1蛋白表达量的验证,可知ACAT1蛋白在察哈尔羊背最长肌表达量高,试验结果与研究一和研究三的结果一致。为后期研究不同物种间肌内脂肪酸代谢提供参考。综上所述,经过脂肪酸标准指纹图谱的构建可以将乌珠穆沁羊、杜泊羊、察哈尔羊和萨福克羊背最长肌进行区分,再跟据相似度差异最大探究了引起乌珠穆沁羊和察哈尔羊背最长肌脂肪酸指纹图谱差异的蛋白,分别是ACAT1、ECHS1、HADHB蛋白引起的。可以为后期内蒙古地区肉用绵羊品种鉴别提供参考。