本文以对软件知识产权保护历史实践与模式比较的讨论为起点，探讨了在软件产业中用经济学方法研究知识产权保护制度问题的可行性。在此基础之上，运用经济模型讨论和比较了软件的各种知识产权保护制度。进而分述具体的软件的版权保护制度和软件的专利保护制度。在软件的版权保护制度的经济学分析中，讨论了累积创新与版权保护的关系。在软件的专利保护制度的经济学分析中，讨论了专利期限政策与专利保护的关系。分别考虑在这些不同条件下的软件保护模型和适用的软件保护制度。之后，将软件保护问题放置在国际层面上，考虑TRIPS协议下的软件保护问题。最后以中国的软件知识产权保护问题作为落脚点，对中国计算机软件保护政策提出一些构想。第二章为软件知识产权保护的历史实践与模式比较，首先论述概念和法学特征，探讨软件知识产权保护的历史进程，并以美国、日本、欧盟和中国台湾地区为例分别说明在软件知识产权保护方面的法律实践活动。此后比较了版权、专利、特别立法以及商业秘密等制度之间的差异性和优劣势。第三章的主要目的旨在对软件知识产权保护制度的经济学理论文献进行评述。首先在归结软件的经济学特征的基础上，探讨了软件保护的两大原则：创新激励和信息披露；此后围绕软件保护的主要原因即软件侵权问题，沿着理论和实证两条思路进行研究和评析，并从经济学的角度分别论述软件保护的各种具体形式。最后，基于以上文献回顾与梳理，构建了理论模型，从创新数量、创新利润和社会福利三个角度着重对软件的专利和版权保护制度进行比较。在前章的基础上分述版权制度保护和专利制度保护。第四章对软件版权制度保护问题进行理论分析，此部分研究突破了原有的孤立创新框架，首创性地引入拍卖模型并放置在累积创新的框架之下。通过构建一个累积创新框架下的拍卖模型来探讨知识产权制度的社会福利效应，并比较了各种具体制度的效率及在各种特殊产业中的应用保护问题。基于存在领先厂商情况下累积创新过程中的创新竞赛问题的分析，可以得到三种不同策略情形下的社会福利函数，并确定知识产权保护程度的适用范围。研究结论的应用扩展表明：以计算机软件、音乐、书籍和期刊等为主的行业，适用比较宽松的保护制度进行保护，如版权制度。第五章对软件专利制度保护问题进行理论分析。沿着Gilbert和Shapiro(1990)的分析方法，在社会福利贴现值模型的基础上，首次引入创新成功概率ηχ和创新效率h两个变量来研究软件专利保护的最优期限问题。研究结论认为在给定回报率条件下对于具有不同投资风险、不同创新成功率的行业，设定专利保护期限的效果可能不同；随着行业创新效率的增加，最优专利期限首先增加在达到最大值后开始趋于减小，因此有必要根据具体的产业基本特征尤其是创新效率的高低，分别设定不同的专利期限并给予不同的专利保护。最后基于城市截面数据，研究发现企业R&D经费支出和销售规模对企业专利申请数有显著的影响，而企业的利润水平对专利申请数的影响则不显著。第六章主要是围绕着加强全球知识产权保护的TRIPS协议。在介绍TRIPS协议的形成和有关条款、经济学意义的基础上，通过模型对TRIPS协议的效应进行比较分析。此后将软件产业中的网络外部性特征融入到原有模型中，并创造性提出一种与TRIPS单边推行的保护机制相比能使全球社会福利最大化的双边协商保护机制，相应的得出发达国家和发展中国家的保护策略。第七章是在详述中国计算机软件保护的立法演进过程、版权登记和相关软件专利申请的绩效分析的基础上，对中国计算机软件保护政策的基点和战略选择，提出了多法综合交叉保护的体系。总之，本文通过对软件知识产权保护制度的深入研究，从法经济学的角度对软件的版权保护、专利保护、国际保护等问题进行模型分析，加深了对软件的知识产权保护问题的理解也对本国的软件知识产权立法提出了具有一定借鉴意义的构想。