辣椒病毒病的长期危害,严重影响辣椒的产量与品质,是造成辣椒减产的重要原因之一。由于辣椒栽植面积日益扩大,全国各地种质资源频繁交换,致使辣椒毒原种类及数量不断发生变化,为明确辣椒病毒病在新疆的发生分布情况,本研究利用宏基因组测序技术结合分子生物检测技术,对采自新疆7个地区的452份辣椒样品进行20种辣椒病毒的鉴定及检测。利用已报道种传病毒种类及本研究已明确新疆辣椒病毒种类的引物,对市面上10个品种（系）的辣椒种子（苗）进行了RT-PCR检测,研究结果如下:1、利用Illumina Hiseq测序平台进行病毒宏基因组测序,辣椒样品共鉴定到的辣椒病毒5种,并利用RT-PCR对测序结果进行了验证。其中,新疆已报道的侵染辣椒的病毒有4种,即黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、甜椒内源RNA病毒（Bell pepper endornavirus,BPEV）、辣椒轻斑驳病毒（Pepper mild mottle virus,PMMo V）、辣椒隐症病毒2（Pepper cryptic virus 2,PCV2）,首次发现甜菜西方黄化病毒（Beet western yellows virus,BWYV）侵染新疆辣椒。2、对新疆7个地区采集的452份辣椒样品进行20种病毒分子鉴定,共鉴定到9种病毒,分别是蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV2）、BPEV、BWYV、CMV、PMMo V、辣椒隐症病毒1（Pepper cryptic virus 1,PCV1）、PCV2、马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）、To MV,并成功克隆到PCV1全基因组序列。首次发现PCV1、番茄花叶病毒（Tomato mosaic virus,To MV）侵染新疆辣椒。3、452份辣椒样品中BBWV2、BPEV、BWYV、CMV、PMMoV、PCV1、PCV2、PVY、To MV,其检出率分别是9.29%、40.93%、7.08%、37.17%、34.51%、2.88%、34.29%、2.65%、0.88%。在检出的病毒中,BPEV的检出率最高,为40.93%;其次是CMV检出率为37.17%;To MV检出率最低为0.88%。共有349份辣椒样本感染了病毒病,占总样品的77.21%,包括单一侵染和复合侵染,其中108份为单一侵染,占总样品的23.89%,241份为复合侵染,占总样品的53.32%。可见,新疆辣椒病毒以复合侵染为主,共存在52种复合侵染组合,2种、3种、4种、5种、6种毒原复合侵染组合分别有14种、17种、15种、5种和1种,3种病毒复合侵染组合最多。复合侵染主要以CMV、BPEV、PMMo V、PCV2、BBWV2 5种病毒为主。52种复合侵染组合中BBWV2+PVY侵染率最高,为16.67%;其次为CMV+BPEV侵染率为16%;BPEV+BWYV+PCV2侵染率最低,只有0.66%。4、对10辣椒个品种（系）的种苗进行PMMoV、CMV、TMV、ToMV、ToMMV、CGMMV、BBWV2、BPEV、PCV1、PVCV2、BWYV2 11种病毒的检测,发现10个辣椒品种（系）种子均可携带病毒;10个辣椒品种（系）种子均携带BPEV;辣椒种子中存在病毒复合侵染的现象。