【摘 要】
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目的本研究结合我国目前食品添加剂、农兽药残留超标依旧存在的情况,借助超级计算机构建了骆驼源纳米抗体的虚拟库,一方面,骆驼体内天然存在的纳米抗体拥有结构简单,功能完整,稳定性及可溶性好、耐受强度高等特点,另一方面,在虚拟筛选过程中使用了计算生物学的方法,能够更加快速和尽可能的反应出抗体的实际情况,骆驼源纳米抗体库的构建对于未来针对食品安全检测、环境监测、药物设计和临床检测等领域具有广泛的应用前景和发
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目的本研究结合我国目前食品添加剂、农兽药残留超标依旧存在的情况,借助超级计算机构建了骆驼源纳米抗体的虚拟库,一方面,骆驼体内天然存在的纳米抗体拥有结构简单,功能完整,稳定性及可溶性好、耐受强度高等特点,另一方面,在虚拟筛选过程中使用了计算生物学的方法,能够更加快速和尽可能的反应出抗体的实际情况,骆驼源纳米抗体库的构建对于未来针对食品安全检测、环境监测、药物设计和临床检测等领域具有广泛的应用前景和发展意义。方法本研究以骆驼源纳米抗体为基础,通过从成年骆驼的颈静脉外周血中分离淋巴细胞,高通量测序获得抗体序列,并利用在线同源建模网站Swiss-model建立纳米抗体三维模型,初步构建纳米抗体虚拟库,选取喹乙醇代谢物3-甲基喹喔啉-2-羧酸为靶标小分子进行虚拟筛选,利用Python脚本和Autodock Vina实现批量分子对接和分数提取,计算资源为天河一号国家超级计算机,对对接结果进行Gromacs分子动力学模拟,相互作用分析采用Pymol、Lig Plot+和Discovery Studio等分析软件。对所构建的纳米抗体三维模型一致性进行多重线性回归分析。结果初步构建库容量达105株纳米抗体虚拟库,并完成了以喹乙醇代谢物3-甲基喹喔啉-2-羧酸为靶标小分子的虚拟筛选,筛选出3株结合自由能较高的纳米抗体。通过对三株抗体复合物的互作分析,结合位点的作用力多为疏水作用、氢键和范德华力。通过对纳米抗体三维模型一致性多重线性回归分析结果显示,F回归=100.209,p<0.001,序列的相似性(similarity)和整体质量评估(GMQE)均对模型一致性的影响有统计学意义。结论本研究应用测序技术和计算生物学的方法建立了骆驼源纳米抗体虚拟库,并利用分子对接的方法在超级计算机上完成了实现了小分子配体与抗体的快速虚拟筛选,对小分子与抗体的复合物进行了相互作用的分析,在未来的工作中,可以借助超算和虚拟筛选实现对特异性抗体的设计,大大提高抗体制备速度和可靠性。
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