企业孵化器从美国诞生至今,在许多国家得到迅速发展。从国内20多年来的发展情况来看,企业孵化器已经成为促进创业创新、推进企业自主创新的重要载体。为了更好地发挥企业孵化器对我国科技创新的促进作用,必须努力提高其运行效率,以实现我国企业孵化器的持续发展。因此建立企业孵化器评价体系,全面客观地评价企业孵化器运行效率具有重要的现实意义。本文首先运用DEA方法评价了我国205家国家级企业孵化器2008年的综合效率、纯技术效率以及规模效率。研究结果显示,对于DEA相对效率不足的企业孵化器而言,要严格控制员工人数、适当减员增效;加强资金的运作管理,提高资金的使用效率;控制场地面积的过大,避免造成浪费。其次以纯技术效率和规模效率为变量对企业孵化器的运行效率进行K-均值聚类分析。由分析结果可以看出,我国企业孵化器在资源配置方面的问题比较突出,应改进现有的资源投入产出组合,有效控制资源投入的冗余和浪费;另一方面部分持续改进型企业孵化器效率过低,对整体企业孵化器效率水平“拖累”程度较大,应重点关注和研究这一类型企业孵化器效率的改进。最后围绕人员结构、所在区域、所属类型以及成立时间四个环境变量对企业孵化器的运行效率进行决策树分析。可以看出我国企业孵化器的效率受到多种因素的影响:其中成立时间较长的企业孵化器运行效率水平普遍较好,经验和资源积累有助于提高企业孵化器的运行效率;地区经济状况对企业孵化器运行效率有较大影响,多数全能高效型企业孵化器来自东部,中西部企业孵化器运行效率还有较大的改进空间;所属类型对效率影响作用较弱;企业孵化器的从业人员并非学历越高越好,应根据不同情况合理配置人员结构。