研究了近缘物种微卫星标记对脊尾白虾的通用性。利用11对中国对虾(Penaeus chinensis)的微卫星引物对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)进行PCR扩增。经过PCR条件优化,有2对中国对虾引物能在脊尾白虾中重复稳定地扩增出目的片段,分别为引物RS1101和引物72A64,且均能表现出多态性,可用于脊尾白虾遗传多样性分析。利用磁珠富集法开发了脊尾白虾微卫星标记并对其特征进行了分析。首先将脊尾白虾基因组DNA经MboI酶切,连上接头,构建基因组PCR文库,然后用生物素标记的简单重复序列(CA)16作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段,最后将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增,再进行克隆和测序,即可得到微卫星序列。本研究选取61个阳性克隆,经测序,共获得32个微卫星序列,其中：完全型微卫星27个(84.38%),复合型微卫星1个(3.13%),非完全型微卫星4个(12.5%)；所得微卫星中以CA/GT为重复单位的序列30个,占93.75%,重复次数在20次以上的微卫星27个,占84.38%,最高重复次数为39次。用引物设计软件Oligo6.0设计引物23对。利用微卫星标记研究了脊尾白虾群体的遗传多样性。用所筛选到的10对微卫星引物对江苏连云港、浙江三门和福建连江3个脊尾白虾群体的132尾个体基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传多样性。根据3个群体在10个微卫星位点上的PCR扩增图谱,计算出各群体的遗传多样性参数。结果显示：10个微卫星位点分别扩增到等位基因数为6-12,共计89个,平均等位基因数为8.90,平均有效等位基因数为7.43,平均遗传杂合度为0.863,平均多态信息含量为0.843,所有微卫星位点均呈高度多态性(PIC>0.5)。江苏连云港、浙江三门和福建连江3个群体的平均遗传杂合度分别为0.827、0.845、0.805；平均多态信息含量分别为0.792、0.815、0.771,说明这3个群体遗传多样性水平较高。3个群体中,浙江三门群体与福建连江群体间的遗传相似系数最高(0.6594),遗传距离最小(0.4164),说明这2个群体亲缘关系最近；江苏连云港群体与福建连江群体间的遗传相似性系数最低(0.6374),遗传距离最大(0.4504),可推断这2个群体亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPMGA法进行聚类分析,结果显示：浙江三门群体与福建连江群体首先聚为一支,然后再与江苏连云港群体聚为一支。聚类分析结果说明,江苏连云港群体与其他2个群体亲缘关系最远,浙江三门群体与福建连江群体亲缘关系最近。由此可预测,为获得最大的杂种优势,可选用江苏连云港和福建连江两地的脊尾白虾进行杂交育种。