刑法司法解释与罪刑法定原则的冲突在刑事法治运行中表现得最为明显，也最难处理。罪刑法定原则司法化困难，刑法司法解释主体混乱、内容冲突、超越立法而违背罪刑法定原则等都是其表现。罪刑法定原则与刑法司法解释在具体层面的冲突是因其没有明确法律运行的整体目标与价值而各自为政造成的。二者的冲突可以通过总体的价值追求和实践层面的契合而得以消解。以正义价值为指引重新界定罪刑法定原则和刑法司法解释的内容和边界，并设置相应的规则来控制二者总体价值上的同向性；通过建立实践向度的“事实—法律—事实”的短期循环体系来增强法律文本和司法过程的实践正义性。具体而言，应重新定位罪刑法定原则和刑法司法解释，以法律整体之正义目标、司法实践之契合程度为标准来设置相应的原则和规则。如明确罪刑法定原则相对化的标准，明确刑法司法解释应遵循的原则，合理分配司法解释权，倡导刑法个案解释权，将习惯、判例纳入刑事司法自由裁量等等。在适度放权的前提下，通过配套制度的建立和完善，保证监督的有效和司法解释权的充分、有效地行使。在充分考虑总体目标一致性的基础上，允许存在差异性，并在基本的实践经验的基础上进行具体规则与操作的相互修正，来保证罪刑法定原则与刑法司法解释之间的良性互动与循环。