区域创新系统中环境要素、主体要素、投入要素和产出要素之间的相互作用以及系统运行机制对整个创新系统的运行及发展起着至关重要的作用。本文利用系统动力学构建了区域创新系统的系统动力学仿真模型，并用VENSIM平台对所建立的系统动力学模型进行了系统动态仿真分析，从系统动态性角度分析了产出牵引机制、要素协同机制、循环反馈机制等动力学特征。本文利用构建的动力学仿真模型对吉林省区域创新系统进行应用分析，根据吉林省特色产业以及吉林省区域创新系统发展现状，构建吉林省区域创新系统动力学仿真模型，将“十二五”规划中对于科技产出的计划产值作为产出的目标值，通过对模型中参数的调整，实现十二五规划的计划产值。研究结果表明，吉林省特色产业创新产出对于创新科技投入的敏感程度从高到低排序为设备制造业、农副食品加工业、医药制造业、化学纤维制造业、化学原料及化学制品制造业。吉林省区域创新系统动力学仿真模型能够为政府政策制定者提供依据，具有较高的应用性。