在自然界中，生物体所需能量的基本储存单元ATP(核苷酸)参与了生命化学过程中的几乎每一个反应，氨基酸是与生命起源和生命活动密切相关的蛋白质的基本组成单位，是合成人体激素、酶和抗体的原料。它参与人体新陈代谢和各种生理活动，是生命有机体的重要组成部分，已成为生命科学中重点研究的内容。近年来，随着色谱技术、液质联用技术的不断发展，大大促进了对氨基酸类、核苷类物质的分离分析研究。它们已成为生物化学、生化制药、生物工程中的重要研究对象。本文对氨基酸类、核苷类物质进行了以下三方面的研究：1．通过对色谱分离柱、流动相组成、检测波长、洗脱方式、离子模式等色谱条件进行系统的考察，建立了分离分析N-磷酰化芳香族氨基酸与相应氨基酸的HPLC／ESI／MS法，并对三种N-磷酰化芳香族氨基酸的纯度和稳定性进行了评价。2．在前章研究基础上，建立了简单、快速、准确、重现性好的HPLC方法，成功用于二十种氨基酸和二十种N-磷酰化氨基酸的分离分析。二十种氨基酸和N-磷酰化氨基酸的油水分配系数的对数与容量因子的对数呈良好的线性关系，表明该HPLC方法可用于磷酰化产物的油水分配系数测定，以便于对磷酰化产物的分配系数和稳定性进行评价。3．利用ESI／MS技术，对2′-AMP，3′-AMP，5′-AMP和3′-5′-ApA的MS进行了研究，找出了特征离子。研究建立了六个N-磷酰化氨基酸与腺苷反应体系中的单磷酸腺苷和二腺苷单磷酸产物的HPLC／ESI／MS分离分析方法，该法可以快速、简便、准确地鉴别和定量该复杂反应体系中的痕量的2′-AMP，3′-AMP，5′-AMP和3′-5′-ApA。