墨吉明对虾是我国南海海域主要的经济捕捞对虾,食用与经济价值高,在世界范围内具有广泛分布,渔业资源量较高,是我国对虾养殖替代品种的优质对象。本研究以墨吉明对虾新品种开发为目标,对墨吉明对虾种质资源、生长特性、选育方法等内容展开研究。主要研究内容包括:南海北部墨吉明对虾自然群体遗传结构分析,野生墨吉明对虾表型形态特征研究,墨吉明对虾人工养殖条件下生长特性研究,G1代群体遗传参数评估,家系正向育种均值选择方法探究,基于基因标记信息与系谱信息的不同选育方法育种值估计准确率的分析等六个部分。1.以我国南海北部五个墨吉明对虾地理生态群体为研究材料。利用RAD-seq测序方法获取了五个地理生态群体共75个个体的简化基因组信息,并对墨吉明对虾5个地理生态群体的遗传多样性、遗传结构及种群动态进行了分析。研究结果显示:各群体间平均核苷酸多样性指数范围为2.88×10-4～3.43×10-4,为中低水平,但中性进化区段核苷酸多样性指数显著高于平均核苷酸多样性指数。从PCA分析结果看,虽然各群体间无显著的群体分层现象,但群体内部具有部分个体呈现变异分离趋势。同时,我们通过各群体间SNP多样性指数离群分析也发现,各群体间具有大量的群体内特异变异位点。2.以收集的野生墨吉明对虾表型信息进行了墨吉明对虾形态特征分析。结果分析发现,墨吉明对虾各生态群体肥满度较高,其中,以北部湾-钦州湾虾场的墨吉明对虾肥满度最高。同时发现,墨吉明对虾具有较高的出肉率,最高可达0.68。在表型相关分析结果中发现,各生长相关表型性状与净重之间的Perason相关水平均达到了极显著相关。其中,体重、体长、头胸甲长、全长、腹节长与净重的表型相关性水平最高,相关系数分别为0.926、0.876、0.831、0.825、0.764,均为高度表型相关。3.本部分对两种不同养殖环境下墨吉明对虾的早期生长规律进行了研究。研究发现,墨吉明对虾在土塘养殖条件下与水泥池养殖条件下具有较大生长差异,土塘养殖条件下的生长速度显著快于水泥池养殖条件下的生长速度。此外发现,两种不同养殖条件下,墨吉明对虾的快速生长期均在10-50日龄养殖阶段。4.利用多性状动物模型对墨吉明对虾G1代群体的体重、体长、头胸甲长、腹节长在不同养殖环境,及不同养殖阶段下的遗传力及遗传相关进行了评估。遗传评估结果显示,所研究的墨吉明对虾G1代群体生长相关性状的遗传力估计值均为中高水平,各生长性状间均为高度遗传相关。同时也发现,30日龄下,体重性状在两种养殖条件下的遗传力差异显著性检验达到了极显著差异的水平。另外,水泥池养殖条件下30日龄、90日龄与180日龄各养殖阶段间体重性状的遗传力差异显著性检验均未达到显著差异水平。5.分别使用家系平均育种值与家系正向平均育种值两种标准进行了家系选择。两种选择方法得到的结果显示,两个群体中各家系排名均出现部分变动。在后代群体验证中发现,P群体均值略高于M群体,但两者未达到显著性差异。6.利用墨吉明对虾基因组标记信息及相关系谱信息,采用ABLUP、GBLUP、ss GBLUP、Bayes A、BayesB等方法对体重育种值估计准确率进行了比较。结果表明,基于ABLUP与ss GBLUP方法得到的育种值估计准确率显著高于GBLUP、Bayes A、BayesB三种基因组预测模型。其中,ss GBLUP方法对墨吉明对虾体重性状的育种值估计的准确率最高,为0.653±0.055。同时,在本研究中,经比较使用GWAS方法与随机抽样方法获取的不同类型的SNP数据集基于BayesB、GBLUP两种模型得到的体重性状育种值估计准确率的结果发现,GBLUP模型均优于BayesB模型。