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分枝杆菌包括结核分枝杆菌复合群（MTC，包括结核分枝杆菌、牛分枝杆菌、非洲分枝杆菌、田鼠分枝杆菌）、麻风分枝杆菌和非结核分枝杆菌(nontuberculosis mycobacteria, NTM)。NTM是MTC和麻风分枝杆菌以外的分枝杆菌的统称，已发现100多种。有些NTM是致病菌或条件致病菌，NTM感染常发生于免疫功能下降、免疫抑制或缺陷的病人，是AIDS的常见并发症[1,2]。NTM主要引起肺部疾患，还可引起颈部淋巴结炎和局部皮肤、软组织感染。随着结核病与NTM感染的发病率不断增高，临床分枝杆菌感染的菌种（株）鉴定不仅在流行病学上，而且在临床诊治上有重要意义。传统的分枝杆菌表型分类与鉴定操作繁杂、耗时，准确性、重复性差，已不能适应临床及时诊治分枝杆菌感染的需要。随着分子生物学技术的快速发展，基于基因分析的分类鉴定方法已成为快速检测和鉴定分枝杆菌的重要手段。我们建立了鉴定分枝杆菌分离株的16S rDNA和16S-23S rDNA 转录间隔区(internal transcribed spacer，ITS)序列分析的方法。对从重庆某医院分离的29株分枝杆菌菌株分别进行了PCR扩增，得到它们的16S rDNA 5′端片段和16S-23S rDNA ITS片段，并测定所得到片段的DNA序列。用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分枝杆菌序列相比较，并用序列构建分枝杆菌菌株的系统发育树，对分离株进行分类与鉴定。有14株的16S rDNA序列分别与已知MTC、戈登分枝杆菌、新金色分枝杆菌、氯酚红分枝杆菌、龟分枝杆菌或脓肿分枝杆菌的序列完全相同。在ITS序列分析中，有10株的序列分别与MTC、戈登分枝杆菌，脓肿分枝杆菌的序列完全一致。依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种。分枝杆菌ITS较16S rDNA有更高的多态性，是鉴定分枝杆菌属内密切相关种和种内不同菌株较理想的靶基因[3,4,5]。在本实验中通过ITS序列分析将1株在16S rDNA序列分析中鉴定为龟分枝杆菌或脓肿分枝杆菌的确认为脓肿分枝杆菌。本实验中有4株临床分离株的16S rDNA序列与新金色分枝杆菌的16S rDNA 序列完全一致，而它们的16S-23S rDNA ITS 相似性为76.3％～98.3％，提示它们可能是新金色分枝杆菌的不同亚种或序列型。<WP=7>在本次研究中发现部分分离株的16S rDNA和ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列，这些不同的序列之间的相似程度为86.7％～99.7％(16S rDNA 5′端序列)和30.4％～99.2％(ITS序列)。分别用临床分离株的16S rDNA序列和ITS序列与其最相似的已知分枝杆菌的序列构建的系统发育树，结果提示这些菌株可能是与已知分枝杆菌密切相关的新种或是它们的亚种。我们依据分枝杆菌属特异性序列设计引物对临床分枝杆菌分离株的16S rDNA片段和16S-23S rDNA ITS进行扩增，可以排除分枝杆菌以外细菌的污染；PCR扩增的分枝杆菌16S rDNA 5′端片段和ITS仅需一次测序即可获全序列，使序列分析成本大为减低。PCR和测序可以在1~2天内完成，因此能极大地缩短分枝杆菌鉴定时间，使患者得到及时正确的诊断和治疗。