科技文献因其知识性、针对性、关联性等特点不同于大众出版的二进制文档排列，而是知识关联下动态多媒体信息体系。这要求科技文献数字出版是个一体化系统，数字化、整体规划思想贯穿到整个出版流程。从前端的采编生产、到中端的组织管理、到后端的发布阅读，各个流程环节承前启后、密切配合、紧密联系。但现实中我国出版集团、平台运营商、阅读器服务商各自为阵、相对独立分散、没有一个全流程的数字出版企业也没有一个全流程的数字出版一体化系统。文章基于流程再造理论以科技期刊、科技图书为例分析了国内分散、孤立的科技文献数字出版服务环节，从功能、影响、数字化方式三个维度分析单个流程以及流程间的相互依赖与集成关系。针对每个流程环节从技术角度分析了其中存在的问题及解决方式并以国外案例对解决方案进行了验证，据此构建了全流程一体化数字出版系统。最后基于流程再造理论从成本、质量、服务、速度四个维度对方案进行了评估。　　流程分析发现:分散的流程片段制约了文献内容的深入加工且存在大量的重复劳动状况，有必要综合分散的数字出版流程提出全流程一体化数字出版方案。问题分析涉及三个层次共23个问题，这些问题可以分为全流程协调问题、技术应用问题、未来趋势问题等三类。解决方案上国外案例验证了以运营商为中心整合出版全流程更加适应国内情况。案例SpringerLink为DOI标识应用、优先数字出版、开放获取、按需出版、碎片化加工管理、动态重组、文件版式转化、移动出版等问题提供了实证依据。案例ProQuest为文章基础规范不统一、碎片标引、多媒体关联集成等问题提供了实证参考。文章给出了全流程一体化数字出版方案的整体架构、各个功能模块内部结构图。全流程一体化系统分为期刊采编、网络信息采集、资源汇集、资源加工、产品再造、数据分发、多渠道发布、月度消费、合作运营、云服务等十个功能板块。四个维度的评估一致认为全流程一体化系统更加经济有效。