非小细胞肺癌SLC35F2启动子区域甲基化检测及相关差异表达基因筛选

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yjcwo
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肺癌是发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,其具体的发病机制尚不清楚。在肺癌相关基因的研究中,有人发现溶质载体家族的35成员F2(SLC35F2)在肺癌组织中高表达,但是引起该基因高表达的表达机制未见报道。DNA甲基化可以参与多种基因的表达调控,因此本试验通过收集非小细胞肺癌患者癌组织和癌旁组织,q PCR挑选10对SLC35F2基因相对高表达的癌组织和癌旁组织,利用亚硫酸氢盐扩增子测序技术对SLC35F2高表达的组织进行基因启动子区域甲基化检测,评估SLC35F2启动子区域的甲基化程度是否影响其在肺癌中的表达调控以及能否作为肺癌诊断或预后的生物标志物。本课题组前期对细胞功能的研究中发现,SLC35F2低表达的非小细胞肺癌细胞系中,细胞的增殖迁移与侵袭能力均显著下降,凋亡水平升高,符合原癌基因调控规律。因此本试验将利用基因芯片技术筛选出低表达SLC35F2的非小细胞肺癌细胞系和对照组细胞系差异表达的基因,并且挑选出增殖相关的基因进行q PCR和WB检测,验证芯片数据的可靠性,为进一步分析该基因可能涉及的的生物学过程提供基础和依据。甲基化结果显示,肿瘤组和正常组的平均甲基化比例和各位点甲基化比例均低于0.1,认为甲基化程度不显著。组间比较肿瘤组的平均甲基化程度显著低于正常组,肿瘤组的67、70、190位点甲基化程度显著低于正常组。基因芯片结果显示利用慢病毒载体构建的SLC35F2低表达的非小细胞肺癌细胞系相对于对照组有326个上调基因和659个下调基因。对CHEK1、CDK6、CDKN1A、PLK1、SMAD2,5个基因进行q PCR检测和WB检测,结果显示m RNA水平和蛋白水平的变化趋势与芯片结果一致,证明芯片数据的可靠性。结果分析认为SLC35F2启动子区域甲基化不适合作为非小细胞肺癌治疗的新靶点,下一步将继续研究表观遗传学的调控影响,旨在寻找非小细胞肺癌治疗的新靶点。从SLC35F2低表达的非小细胞肺癌细胞系中筛选的差异基因,我们首先将挑选最有可能影响非小细胞肺癌发生和发展的基因,继续在非小细胞肺癌中进一步研究其表达量和相关信号通路。其次,利用生物信息学分析差异表达基因在不同肿瘤中的表达调控情况,进一步评估其是否与非小细胞肺癌有相关性。
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