内部审计在高校经济管理运行中发挥着至关重要的作用。近些年来,高校的深化改革、快速发展都给高校内部审计工作带来极大的挑战,而内部控制的发展又给高校内部审计水平的提高带来了光明和指导。内部审计是内部控制得以开展的血和肉,是内控工作目标得以完成的必经之路,对于高校内部审计的改进过程中,审计程序的完善是其中最为重要的一环。内部审计的工作重点和主要目的是对内部控制的运行是否可以有效正常运转做出评价,因此对于内部审计的优化应当以内部控制为基础,将对于内部控制的监督和评价贯穿于内部审计的所有环节,以便使得审计工作目的更为明确,对象更为清晰,过程更有效率。通过对我国高校内审工作研究可以发现,我国内部审计现阶段主要存在着两个方面的问题：(1)内部审计目前并不能达成高校改革发展所提出的要求,缺乏主观能动性；(2)审计对象仍然停留在财务管理活动以及资金运作流程是否出现违章制度等较为狭隘的角度。因此本文拟以文献查阅法为基础,探究了全国多所高校内部审计现状,以高校内审优化为主要内容,以内部控制为切入点,对我国高校内部审计现存问题提出完善建议；同时,为了清晰地阐述通过内部控制来改善高校内部审计是可行有效的,本文通过案例分析,将内部控制理论运用到整个高校内审流程的优化过程中,使高校审计除了原有功能之外,兼具对高校内部控制进行监督和完善功能,使其工作目的更加明确。高校内部审计对高校治理的顺利开展起到了至关重要的推动作用。因此,只有有关部门提高内部审计地位,帮助其充分发挥功效,才能有效预防、管理高校风险,发挥其免疫作用,有利于高校的持续健康发展。