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本文使用Sybyl软件包中的对接模块,将脂肪酶的四面体中间态底物对接到酶的活性位点,以形成3个必需氢键的反应型构象为筛选条件,模拟预测了4种脂肪酶对66对底物的对映体选择性。对接依次使用Surflex, Surflex-GemoX, FlexX共价对接三种模式进行,对接准度及其预测成功率依次提高,并在使用FlexX共价对接时预测效果达到最好。FlexX共价对接结果表明：当催化反应的对映体选择性(E值)较小时(<100),酶与R/S两种底物的结合自由能差不足以准确预测酶的优先反应构型；而当底物分子的E值较大(≧100),并且主链碳原子数目较少时,该方法对酶的优先反应构型预测成功率较高,达到81.5%,可以作为一种虚拟筛选的手段。同时,在三种不同的对接模式下,南极假丝酵母脂肪酶B(CALB)均获得了最好的预测效果,并在FlexX共价对接时,其预测自由能差和实验自由能差的相关系数r值达到0.52,这与通过分子力学／泊松-波尔兹曼表面积法(MM/PBSA)计算结合自由能的r值相当,表明该方法预测结果比较可靠。其次,同源模建法成功构建了三种未报导晶体结构脂肪酶米根霉脂肪酶(ROL), Lipase-AK, Lipase-YS的晶体模型,经模型评价后认定模建结果比较可靠。然后经过FlexX共价对接,对已模建脂肪酶的对映体选择性进行了预测。但由于从文献中采集的实验E值较小(<100),以及对接法本身的局限性,导致预测效果并不理想,成功率为52.8%,进一步验证了FlexX共价对接只有在E值较大时才会比较准确地预测出酶的优先反应构型。最后,为了考察溶剂因素对含盖脂肪酶结构的影响,利用Amber11软件模拟了柔毛腐质霉脂肪酶(HLL)在水,甲醇,氯仿三种溶剂中的结构变化,模拟结果显示：两种构型HLL核心结构的均方根偏差(rmsd值)在三种溶剂中变动很小,而酶盖子结构的rmsd值随溶剂的变动比较大。同时,脂肪酶HLL的α-helix面积在水中会增加,而在有机溶剂中会减少；β-sheet的面积则受溶剂的影响不大。另外,溶剂条件会对酶分子的溶剂可及表面积产生影响,影响情况与溶剂本身和极性有关。盖子结构受溶剂的影响而发生部分打开或关闭,或者保持稳定,由于盖子控制着底物进出酶活性位点的通道并影响活性位点的微环境,因此溶剂条件大大影响了含盖脂肪酶的催化性能,这在一定程度上解释了CALB与其它含盖脂肪酶相比有良好的底物广谱性的原因。