随着社会主义市场经济的进一步确立及知识经济的到来，我国高等教育进入快速发展的时代。办学规模持续扩大，教育投入持续增长，高校经济活动的规模不断扩大。但在高校经济活动逐步走向市场机制的转型时期，面对不断变化和快速增长的经济活动规模，高校的经济管理工作显然没有跟上新机制转变的步伐。近几年来部分高校中出现的违规和腐败现象，对高校的声誉和发展产生的严重的影响和威胁。面对这些新问题，新情况，高校应该更新观念，重新审视和定位高校的内部审计工作。本文就这一论题展开讨论，回顾了内部审计的发展历程，并对国内高等学校内部审计的现状进行了分析。高校内部目前内部审计的地位并不超脱，无法保持相对的独立性，且人员力量不足，人员综合素质不高。内部审计技术落后于会计技术的发展，内部审计管理工作贫乏，对预算执行审计和内部控制制度审计的投入不足。经济责任审计缺乏审计评价标准而未能发挥应有的作用，基建修缮工程跟踪审计未全面开展而仍存在着造价失控等问题。针对以上问题，笔者提出通过提高审计的领导层次，设置审计委员会等措施来提高审计的独立性。提出加强审计队伍的建设，改进内部审计技术，将部分审计业务外包，并在审计具体内容上突出重点，增强审计的力度。通过以上的措施，促进高校内部审计适应学校经济发展的需求。