一维固相pH梯度等电聚焦与生物质谱联用鉴定混合蛋白质的方法建立与应用

来源 :中国人民解放军军事医学科学院 解放军军事医学科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhjipi07
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建立了一种基于一维固相pH梯度等电聚焦电泳(1DIPG-IEF)结合MALDI-TOF-MS,CapLC-Nanoflow-MS/MS和MALDI-TOF-TOF-MS鉴定混合蛋白质的方法。本研究考察了1DIPG-IEF的上样量、染色方法、重复性和胶内酶切技术。详细比较了5种染色方法的效果,B2法无“酸性端歧视效应”,脱色速度快,与质谱兼容,在功能蛋白质组学研究中有应用前景。优化了IPG胶条的胶内酶切实验技术。1DIPG-IEF比1DSDSPAGE分离能力高,更适合鉴定蛋白质异构体。1DIPG-IEF也可无需酶切直接分析胶内蛋白质。 将上述方法用于人白血病细胞K562提取物的蛋白质鉴定,共鉴定出33个蛋白质。12个蛋白质与文献报道相同。其中用MALDI-TOF-TOF-MS鉴定出18个蛋白质;用LC-MS/MS鉴定出16个蛋白质,平均由3~5个肽段(最多7个)鉴定一个蛋白质,具有较高可信度,适合分析较复杂蛋白质混合物。 用阿糖胞苷(Ara-c)诱导HL-60细胞凋亡,用透射电镜进行细胞形态学观察。给药6h后,HL-60细胞出现早期凋亡特征,24h后HL-60细胞进入凋亡中晚期。构建了HL-60细胞凋亡全过程的1DIPG-IEF差异表达图谱。未经Ara-c处理的HL-60细胞的IPG-IEF有49个条带,经Ara-c作用6、12、24、36h后条带分别减少到30、29、29和28条,约减少40%,碱性蛋白条带减少幅度大。差异蛋白条带经Denovo测序,鉴定了6个较重要蛋白质。其中组蛋白H2B只在给药6h时出现且相对量很高,可能是HL-60细胞早期凋亡的特征之一。核内不均一核糖核蛋白异构体A1在两种白血病细胞中均出现,有可能作为潜在的诊断标志物之一。延长因子1a样蛋白与蛋白质生物合成、蛋白降解、信号转导通路有关。蛋白量随给药时间的变化主要呈现4种类型:山峰型的峰顶在给药6h,可能与凋亡启动相关;峭壁型的转折点在给药24h,这些蛋白可能有抗凋亡作用。
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