【摘 要】
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核桃(Juglans regia,2n=32)是重要的木本粮油战略树种,具有较高的营养价值和生态价值,全基因组约为606Mb。由胶胞炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)引起的核桃炭疽病是
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核桃(Juglans regia,2n=32)是重要的木本粮油战略树种,具有较高的营养价值和生态价值,全基因组约为606Mb。由胶胞炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)引起的核桃炭疽病是目前核桃的重要病害,严重影响核桃的产量和品质。利用分子标记构建高密度核桃遗传连锁图谱,对抗炭疽病性状进行QTL定位,是开展分子辅助育种的重要环节。本研究以核桃品种?元林?、?青林?及84个?元林?×?青林?F1杂种后代为作图群体,采用SLAF-seq测序技术,构建核桃高密度遗传连锁图谱,对核桃抗炭疽病性状进行QTL定位和分析。具体结果如下:1.SLAF-seq数据分析与SLAF标记:共得到161.64M的双端reads,开发得到153,820个SLAF标记,母本的平均测序深度为68.06,父本为56.21,子代为7.91。其中有49,174个多态性标记,占到总标记数的31.97%。对得到的多态性标记进行基因型编码,有38,664个多态性标记被成功编码,并被分到8类基因型中,通过筛选去除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离和其他不适合构建图谱的标记,总共13,635个多态性标记被分到5类基因型中,ef×eg标记有962个,hk×hk标记有1,046个,lm×ll标记有3,501个,nn×np标记有8,123个,ab×cd标记有3个。2.核桃高密度遗传图谱:通过对成功编码的13,635个SLAF标记,进行连锁分析。最终上图标记为2,577个SLAF标记,其中偏分离标记为761个,占到上图标记的29.53%。构建了包含16个连锁群的核桃高密度雌性图谱、雄性图谱和整合图谱,分别包含2,395个SLAF标记,488个SLAF标记和2,577个标记。雌性图谱覆盖长度为2664.36cM,平均图距为1.11cM;雄性图谱覆盖长度为1305.58cM,平均图距为2.91cM;整合图谱覆盖长度为2457.82cM,平均图距为0.95cM。雌性图谱每个连锁群上的标记数在1-242之间,连锁群长度在0.00-274.38cM之间;雄性图谱每个连锁群上的标记数在1-80之间,连锁群长度在0.00-174.78cM之间;整合图谱每个连锁群上的标记数在80-243之间,连锁群长度在78.12-190.04cM之间。3.在上图标记中,主要包括SNP_only,InDel_only和SNP&InDel三种类型的标记其中?SNP_only?是主要的标记类型,为2,300个,占上图标记89.25%。共有5,043个SNPs位点在上图标记中,平均每个标记含有2个SNP位点。其中大多数SNP位点是R(G/A)和Y(T/C)类型,分别占SNPs位点的33.61%和34.62%。4.核桃抗炭疽病的QTL定位:根据核桃双亲的整合图谱,利用Map QTL5.0软件,采用区间作图法(LOD>3),对F1代和亲本的抗炭疽病性状进行QTL分析。检测到1个与抗炭疽病相关的QTL位点。该QTL位于LG14连锁群165.51-176.33c M之间,包含10个SLAF标记,可解释表型变异范围为16.2%-19.9%。
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