猫冠状病毒(Feline coronavirus,FCo V)是猫群中广泛流行的一种病毒,分为猫传染性腹膜炎病毒(Feline infectious peritonitis virus,FIPV)和猫肠道冠状病毒(Feline enteric coronavirus,FECV)两个生物型,FECV通常只引起轻微的肠炎,而FIPV是家猫和野猫致死性疾病猫传染性腹膜炎(Feline infectious peritonitis,FIP)的病原。为了探究不同地域FCo V的病毒序列是否受到了选择压力,我们对来自国内以及其他国家的FCo V序列的关键基因进行了分析,为FCo V的分子进化机制及致病机制的研究提供了基础。S蛋白是一类具有信号肽的膜糖蛋白,用于受体结合和病毒进入;ORF1ab编码复制酶多聚蛋白,与病毒的复制相关;N蛋白是病毒的核衣壳蛋白;而7b基因与病毒的毒性相关。因此,我们对FCo V的上述基因进行了扩增、测序,并且与NCBI数据库中其他国家的病毒序列进行了系统发育分析,结果显示来自中国大陆的所有FCo V序列都聚集在一起,形成了一个单独的分支,来自荷兰的一些序列也与中国的FCo V序列聚在一起,来自比利时、美国和荷兰的其他序列则聚在一起形成不同的分支,只有来自英国的序列形成了一个单独的分支,该分支不包括来自任何其他国家的序列,因此,上述国家的FCo V基因序列重建的进化树没有显现出明显的地域性。因为病毒的重组会影响序列选择压力的分析,我们首先用GARD方法对病毒序列进行了重组分析,结果显示没有明显的重组证据,并且其对选择压力分析的影响较小。应用PAML软件对序列进行选择压力分析后,结果显示英国的序列的进化速率不同于其他国家的序列,并且来自英国的序列其进化速率略小。应用PAML和Data Monkey软件进行位点的选择压力分析后,我们检测到nsp12-14中有4个正选择位点,S基因中有10个正选择位点,N基因中有4个正选择位点,7b基因中有4个正选择位点,此外,先前报道的可以将96%的FIPV与FECV毒株序列区分开的S基因的245位点也是一个正选择位点。Data Monkey软件中的FEL和REL方法在不同的基因中都发现了相同的负选择位点。这些位点可能是相对稳定、对病毒至关重要的。在nsp12-14基因中检测到了106个负选择位点,这可能是病毒基因组复制所必需的。在S基因中检测到了168个负选择位点,这可能是病毒与宿主细胞结合或进入宿主细胞的关键。在N基因中检测到25个负选择位点,这可能是病毒的核衣壳蛋白的关键。在7b基因中检测到了17个负选择位点,这可能是病毒毒性的关键。在我们分析的所有基因中,检测到的负选择位点多于正选择位点,这表明这些基因相对保守。而少量的位点发生正选择可能有助于这些病毒在新的环境或有害条件下适应环境以维持生存,可以将96%的FIPV与FECV区分开的S基因的245位点也发生了正选择,提示这些正选择位点可能与FIPV的发生有关。